1968年,淮南市委、市政府和淮南矿务局(淮南矿业集团前身)研究决定对大通“万人坑”等五点日军侵华罪证遗址进行查证和保护。同年正式开馆展示。
1986年,大通万人坑被安徽省人民政府确定为省重点文物保护单位。
1995年,大通万人坑教育馆被安徽省委、省政府命名为省级爱国主义教育基地。
2007年6月,大通万人坑教育馆被安徽省旅游局批准为国家2A级景区。
2011年3月,大通万人坑教育馆被安徽省旅游局评定为国家3A级旅游景区。
2010年,在纪念抗日战争胜利65周年之际,淮南大通“万人坑”教育馆被省政府命名为“安徽省国防教育基地”。
2013年3月,大通“万人坑”、秘密水牢、站后碉堡、日军司令部等9处侵华日军淮南罪证遗址被国务院核定公布为第七批全国重点文物保护单位。
2014年9月1日,为隆重纪念中国人民抗日战争和世界反法西斯战争胜利69周年,国务院公布了第一批80处国家级抗战纪念设施、遗址名录。其中,安徽省共有两处,淮南市大通万人坑教育馆名列其中。
2015年,为了迎接抗战胜利70周年,国家文物局支持200万元对大通万人坑遗址进行整修,遗址上的大通万人坑教育馆于2月8日至8月底进行闭馆整修。4月底,完成《侵华日军淮南罪证遗址保护与展示利用规划》;5月底完成存列大纲。除了教育馆之外,同时将对9处遗址进行规划。侵华日军淮南罪证遗址文物本体包括万人坑、站后碉堡、碉堡水牢、秘密水牢、窑神庙、日军司令部、日军弹药库、日军地堡、日军南宿舍碉堡9处遗址,一期重点修缮万人坑、站后碉堡、碉堡水牢、秘密水牢、窑神庙5处遗址,对日军司令部、日军弹药库、日军地堡、日军南宿舍碉堡4处采取必要抢救加固措施,对文物环境进行清理整治。