历史上出现的时间很早,大约是在6000万年前的始新世,也可能在更早一些的中生代末期就出现了。
人们发现企鹅的化石,是1859年的事了。据古生物学家的推测,远古时代的企鹅比现代的大企鹅还要高90厘米,约有一人高,体重约100~120公斤。从19世纪起,在世界一些地区已采集了数百件企鹅的化石标本,已发现的企鹅化石产地与现生企鹅的分布地区是一致的。
科学家们对探索企鹅的起源很感兴趣。有的学者认为,企鹅是由飞禽发展而来的,它的鳍状前肢是翅膀变异而成的,而另一些学者认为企鹅的鳍状肢上有鳞片,因此可能是某些不会飞翔的爬行动物的后代,或是介于鸟类和鱼类的中间类型。
在人们的印象中,总是把企鹅与南极洲联系起来,好似其它地方就没有企鹅分布。其实,只有两种企鹅(阿德莉企鹅和身材高大的帝企鹅)才是南极洲的真正“居民”,其余的企鹅都分别散布在南半球的许多岛屿和海岸上;而且,还有一种企鹅,已漂泊到位于赤道上的加拉帕戈斯群岛落户,成为地地道道的热带“居民”。
企鹅的神秘之处,在于它还有许多奥秘没有被揭晓,因此,目前的生物学、生态学、生理学都在对企鹅进行着研究。