1933年6月澄衷医院国立上海医学院肺病疗养院创建,为上海医学院第二实习医院1934年4月中华慈善协会在院内增建病房,这是中国首创的为儿童设立的肺病疗养机构1950年11月划归上海市卫生局领导,更名为“上海市立澄衷肺结核病防治院”1953年7月更名为上海市立肺结核病防治院1957年10月更名为上海市立结核病防治院1958年4月更名为上海市第一结核病防治院1959年被中央卫生部指定为全国进修教育基地之一1964年6月首次在针刺麻醉下成功施行肺切除手术,成为国内最先开展针麻手术的临床研究单位1984年11月更名为上海市结核病防治中心(上海市结核病防治中心第一防治院)1987年10月上海市结核病防治中心第一防治院(上海市第一肺部肿瘤防治院)1989年12月更名为上海市第一肺科医院1995年获评国家首批“三级甲等医院”1998年12月更名为上海市肺科医院(上海市职业病医院)2003年1月成功实施亚洲首例老年人同种异体肺移植手术2005年3月增设第三冠名同济大学附属上海市肺科医院2013年9月第二冠名更名为上海市职业病防治院