〈「张三世」古义〉,《学原》1.8(1947):15-19。
〈洪武二十二年太孙改律及三十年律诰考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》20下(1948):223-250。
〈鹅湖之会朱陆异同略说〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》22(1950):261-265。
〈大明律诰考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》24(1953):77-101。
〈读明史王艮传〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》24(1953):103-105。
〈明外史考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》24(1953):107-134。
〈孟子与告子论性诸章疏释〉,《大陆杂志》6.7(1953):1-7。
〈释《汉书.地理志》所记秦郡与汉郡国的增置〉,《中央研究院院刊》1(1954):281-336。
〈释孟子「天下之言性也则故而已矣」章〉,《大陆杂志》10.7(1955):6-10。
〈孟子性论之研究〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》26(1955):227-308。
〈释孟子「公都子问性」章的才字情字〉,《民主评论》6.16(1955):91-92。
〈宋刊残本《礼记正义》跋〉,《大陆杂志》11.5(1955):32。
〈读钱宾四先生《中庸新义》〉,《民主评论》7.1(1956):4-7。
〈读钱宾四先生《中庸新义》申释〉,《大陆杂志》12.9(1956):10-14;12.10(1956):14-20。
〈论四书章句集注定本〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》28上(1956):497-515。
〈跋史语所藏明刊清修本《天工开物》〉,《大陆杂志》14.4(1957):8-9。
〈论秦以前的赐姓制度〉,《大陆杂志》14.11(1957):7-12;14.12(1957):17-22。
〈读皇明典礼〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》29下(1958):661-676。
〈论明史所记四辅官事〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》30下(1959):557-595。
〈蒙古世系谱撰人〉,《庆祝董作宾先生六十五岁论文集》(台北:中央研究院历史语言研究所集刊外编第4种,1960),上册,页327-328。
〈明史纂误〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》31(1960):303-346。
〈明末实录书成誊写四分说〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》31(1960):347-352。
〈明实录校勘记引据各本目录〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》31(1960):353-380。
〈影印国立北平图书馆藏红格本明实录并附校勘记序〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》32(1961):1-17。
〈论皇明祖训录所记明初宦官制度〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》32(1961):77-98。
〈论皇明祖训录颁行年代并论明初封建诸王制度〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》32(1961):119-137。
〈读明刊毓庆勋懿集所载明太祖与武定侯郭英敕书〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》34下(1963):617-625。
〈论朱子对论语「夫子之文章」的注释并论了解论语的方法〉,《孔孟月刊》38(1965):26-30。
〈明史纂误续〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》36下(1966):445-512。
〈汲古阁词苑英华本《少游诗馀》校录〉,饶宗颐编校,《淮海居士长短句》(香港:龙门书店,1966),页133-151。
〈皇明世法录影印本评介〉,《书目季刊》1(1966):55-57。
〈论明初北元君主世系〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37上(1967):313-322。
〈奴儿哈赤所建国号考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):421-448。
〈论张儒绅齎夷文至明年月并论奴儿哈赤的七大恨及满文老档讳称建州国〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):449-457。
〈满洲国国号考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):459-473。
〈清太祖天命建元考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):475-496。
〈满洲开国史丛考〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):421-509。
〈论清太祖於称汗後称帝,清太宗即位时亦称帝〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):497-503。
〈论满文 nikan 这个字的含义〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):505-510。
〈明史纂误再续〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》37下(1967):511-576。
〈谭嗣同全集书札系年〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》38(1968):293-318。
〈康有为衣带诏辨伪〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》38(1968):319-350。
〈论康有为「保中国不保大清」的政治活动〉,《大陆杂志》36.12(1968):1-29。
〈论光绪丁酉十一月至戊戌闰三月康有为在北京的政治活动〉,《大陆杂志》37.9(1968):7-24。
〈历史语言研究所校印明实录的工作〉,《中央研究院历史语言研究所四十周年纪念特刊》(台北:中央研究院历史语言研究所,1968),页207-213。
〈论光绪赐杨锐密诏以後至改变爆发以前康有为的政治活动〉,《大陆杂志》38.9(1969):7-24。
〈论今传谭嗣同狱中题壁诗曾经梁启超改易〉,《大陆杂志》38.9(1969):25-29
〈律解辩疑大明律直解及明律集解附例三书所载明律之比较研究〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》39上(1969):289-308。
〈〈明史考证攟逸〉纠谬〉,国立故宫博物院故宫季刊编辑委员会编,《庆祝蒋复璁先生七十岁论文集》(台北:国立故宫博物院,1969),页125-156。
〈读康有为《日本变政考》〉,《大陆杂志》40.1(1970):1-11。
〈唐写本周易正义残卷後〉,《大陆杂志》42.9(1971):30-33。
〈关于拙著《戊戌变法史研究》—敬答汪荣祖先生〉,《大陆杂志》43.4(1971):53-55。
〈释周公受命义〉,《大陆杂志》46.5(1973):48-59。
〈释周公受命义〉,《东方杂志》复刊7.11(1974):34-39。
〈释周公受命义续记〉,《大陆杂志》48.3(1974):43-48。
〈读清世祖实录〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》45.2(1974):241-254。
〈明洪武永乐朝的榜文峻令〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》46.4(1974):557-594。
〈康有为与「保中国不保大清」〉,《大陆杂志》49.5(1974):43-52。
〈理学的定义、范围及其理论结构〉,《大陆杂志》50.1(1975):1-49
〈《明代律例汇编》序〉,《大陆杂志》53.4(1976):1-19。
“On the Hundred Days Reform,” Paul A. Cohen and John E. Schreckern eds.,Reform in Nineteenth-Century China. Cambridge,Mass.: EastAsianResearchCenter,HarvardUniversity: distributed by Harvard University Press,1976,pp. 306-309.
〈四论周公受命摄政称王问题〉,《大陆杂志》54.3(1977):114-118。
〈陶弘景著《帝王年历》以竹书为正〉,《大陆杂志》55.6(1977):270-272。
〈杜正胜著「尚书中的周公」书後〉,《大陆杂志》56.3/4(1978):123-124。
〈读明史余应桂、揭重熙、傅鼎铨三人传〉,《明史研究专刊》1(1978):170-172。
〈经今古文学问题新论〉,《大陆杂志》58.2(1979):49-87。
〈经今古文学问题新论(中篇之一)〉,《大陆杂志》60.1(1980):1-24。
〈经今古文学问题新论(中篇之二)〉,《大陆杂志》60.2(1980):64-87。
〈论郑桓公灭郐,并论京兆郑县非郑桓公封邑,申臣瓒说〉,《大陆杂志》60.5(1980):1-5。
〈经今古文学问题新论(中篇之三上)〉,《大陆杂志》61.1(1980):1-29。
〈经今古文学问题新论(中篇之三下)〉,《大陆杂志》61.2(1980):16-31。
〈论康有为进呈「孔子改制考」月日,幷论康「戊戌奏稿」、「请尊孔圣为国教摺」为康事隔多年伪作〉,《大陆杂志》61.5(1980):216-217。
〈康有为戊戌年真奏议—「日本变政考」、「杰士上书汇录」等书,已在北平故宫博物院发现〉,《大陆杂志》62.6(1981):1-7。
〈经今古文学问题新论(中篇之四)〉,《大陆杂志》64.1(1982):11-22。
〈敬答陈槃庵先生〉,《大陆杂志》64.5(1982):8-9。
〈明史广西土司传考证—明史篡误三续〉,《大陆杂志》68.1(1983):7-27。
〈明史贵州土司传记霭翠奢香事失实辨〉,《大陆杂志》68.2(1983):4-11。
〈与友人论「古文奇字」书〉,《大陆杂志》68.4(1984):192。
〈象山思想临终同於朱子〉,《大陆杂志》69.1(1984):32-42。
〈再谈戊戌政变—答汪荣祖〉,《大陆杂志》77.5(1988):1-7。
〈再论清太祖清太宗的国号、年号及位号—敬答蔡美彪先生〉,《大陆杂志》76.5(1988):1-5。
〈拙著《戊戌变法史研究》的再检讨—并评介最近几年国人研究戊戌政变法的成绩〉,《中央研究院第二届国际汉学会议论文集?明清与近代史组》(台北:中央研究院,1989),下册,页729-768。
〈了解《论语》的方法—并简论汉宋学派对《论语》的解释〉,《清华大学学报》(哲学社会科学版)1.5(1990):45-65。(1989.7.20在新竹清华大学人文社会学院演讲稿)
〈论「杰士上书汇录」所载康有为上光绪第六书第七书曾经光绪改易,并论康上光绪第五书确由总署递上〉,《故宫学术季刊》9.1(1991);亦载於《清史研究》1996.4。
〈康有为与戊戌变法—答汪荣祖〉,《大陆杂志》86.3(1993):1-23。
〈康有为与戊戌变法〉,《清史研究》1993.4:83-106。
〈刘著《尚书学史》读记〉,《大陆杂志》88.6(1994):1-9;亦载於《中国典籍与文化论丛》第二辑(北京:中华书局,1995)。
〈读杜预「春秋序」,幷论左传原书的名称〉,《大陆杂志》88.1(1994):1-3。
〈论谭嗣同狱中诗〉,邬昆如等编,《谭嗣同先生学术研讨会论文集》(台北:中华仁学会,1995),页1-10。
〈《大众草书千字文》序〉,1995年7月22日。
〈论谭嗣同狱中诗—与孔祥吉先生商榷〉,《大陆杂志》90.2(1995):1-5。
〈戊戌变法与素王改制〉,《大陆杂志》100.5(2000):1-19。
〈释“武成”月相,敬答张闻玉先生〉,《大陆杂志》102.1(2001):1-5。
〈论衣礼与商代周祭制度.上〉,《中国史研究》2002.1:11-49。
〈彭孟缉与高雄事件真相〉,郑水萍编著,南方文史工作室、树德科技大学古迹建筑系编辑,《高雄研究学报(高雄研究研讨会论文集)》(高雄:春晖出版社,2003),页77-92。
〈再论彭孟缉与高雄事件真相(二稿)〉,「大高雄地区近百年文化变迁研讨会」宣读,2003.11.13。
〈林茂生之死考〉,《历史月刊》193(2004):135-146。
〈释《春秋》左氏经传所记鲁国褅礼并释《公羊传》“五年而再殷祭”〉,《中央研究院历史语言研究所集刊》75.4(2004):699-743。
〈二二八高雄事件新考〉,《历史月刊》229(2007):72-74。
〈论《春秋》学的时代使命—并简介我对春秋经传禘给问题的研究〉(及後记),饶宗颐主编,《华学》第9、10辑第二册,(上海:上海古籍出版社,2008),页472-480。
〈读侯坤宏先生新编《大溪档案》〉,《档案季刊》7.3(2008):4-7。
〈〈论《春秋》学的时代使命—并简介我对《春秋》经传禘给问题的研究後记〉续记〉,《古今论衡》20(2010):3-9。
〈读茅著《从甲午到戊戌:康有为《我史》鉴注》—与茅海建先生商榷的信〉,《古今论衡》20(2010):11-18。