经学史的局限性
作为中国第一部完整的经学史，《经学史》有其优点，但由于作者学术地位和时代的局限，也存在不少问题甚至错误，具体体现在以下几个方面:该书对经学史各阶段重要经学人物的评价有失偏颇；一些经学史上的重要流派甚至被回避。
个人立场的片面观点
皮站在现代经学家的立场上，对经学史上重要的经学流派&古代经学和宋学持否定态度。他认为古代儒家经典就是史学。对经的解释不符合圣人的意思。然而，宋学运动实际上是孟子的一次升级运动。理学在发展传统儒家“内圣外王”思想的同时，更加注重“内圣”之学，最终使四书之学超越五经，修身齐家、平天下之道成为社会各阶层推崇而不可替代的价值准则，从而对传统社会中后期产生了深远的影响。理学在继承魏晋玄学宇宙本体论的基础上，形成了一套精致的玄学思辨，使传统儒学更加理论化。这对于增强中华民族的逻辑思维能力，拓展传统儒学的学术内涵，具有不可替代的积极意义。因此，这是中国传统儒学的一个重要发展阶段。而经学史只是因为讲义无用而加以否定，难免表现出强烈的功利色彩，所以评价是武断的。值得注意的是，在否定宋如意的经学思想时，皮提到了朱学派的思想缺失。比如他提到理学删减经典以符合自己的意愿，皮认为这种学风与朱无关，始于程氏兄弟，说程氏兄弟从义的角度判断章句的“真伪”，朱则根据理学加以补充和发展，从而形成了现在版本的大学。其实朱熹强把《大学》分为“经”和“传”，学界早有说法。Pi明知故犯的保持沉默，显然有失公允。众所周知，朱的学术研究强调“体例之事”和“学问之事”，这表现在对朱重视名、事、典体系的考证上，所以章学诚认为朱的学术思想是清学之源。我们可以看到，清代现代作家庄存玉、刘、宋翔凤等都深受赣嘉考据之风的影响，所以他们都对朱怀有深厚的感情。这种选择与魏源、康有为后期的选择大相径庭，他们是王陆而不是朱成。如前所述，皮在学业上跟随灵枢、陈历、，学风也是如此，所以皮要保护朱。正是从这一立场出发，皮没有对理学中的重要流派的《薛鑫》作出评价。这不是简单的忽视，而是与皮的家庭观有关。皮从经学应用的角度评价经学流派，但也受到考据学风的影响。从现代古文方面，他尊今抑古；在汉宋观中，皮是扬汉抑宋的。他始终坚持清代儒学形而上思辨的传统，认为自己的天道论接近旧释。在对朱之学和心学的评价中，朱的学风是扎实的，是清代儒学考据学学风的无可匹敌的始祖。皮的重考考据与朱学智的实证治学风格不谋而合，这是因为《经学史》载有多首为朱保驾护航的歌曲，但只用“糟粕六经”一词来形容陆的治学，更谈不上对其进行客观的分析。
强烈的主观色彩
皮对经学史上重要人物的评价也带有强烈的主观色彩。在皮看来，任何管理古代经典的人，都有政治叛逆的倾向。比如他认为刘欣管理古文是帮莽篡汉，王肃和杜预提倡古文注释《左传》是帮司马师篡魏。钱穆的《刘父子年谱》清楚地表明，对莽的帮助与他对中国古代经典的处理是分不开的。至于王肃和杜预对古文的处理，则与司马师篡魏有关，没有历史的痕迹，更是主观臆断。查《魏书·王肃列传》曰:“王肃良有学问，能分析其俸禄！刘骜认为苏联方面是有帮助的，杀死自己是好的，这也是一种违反。性沉迷于荣誉而不求性交，也是相反的。吝惜财物，善待身体，是三害。”没有迹象表明王肃帮助司马篡魏。至于杜预，他基于文言经典的立场，找出了《春秋》对《左传》的注释，与《左传》的注释是一致的。今天，刘家合先生做了详细的讨论，以供参考。找《晋书·杜预传》，没有杜预帮助司马师篡魏的痕迹。
重“今”轻“古”，扬“汉”，抑“宋”
《经学史》将经学的发展分为十个时期。从皮的分期来看，经学的发展自汉代以后一直在走下坡路。皮重“今”不及“古”，扬“汉”抑“宋”。他认为中国古代经学的兴起是对经学的第一次破坏；所以，皮对中国古典经典和宋学的评价是极低的，他的经学史是建立在中国古典经典对中国现代经典、宋学对汉学的破坏之上的。然而，自西汉末年文言经典兴起以来，文言经典的考据和音韵训诂实际上是一个“向前”发展而非“衰落”的新阶段。到了隋唐时期，以许慎、郑玄为代表的古文经学家开创了一种新的学风。至于理学，应视为经学的发展而非衰落，即学佛入儒，将经学教为“玄学”，将传统儒学理论化、哲学化。在理学的发展过程中，朱学派形成了从"从物之学"到"从知之学"的严谨扎实的学术风格，这既是对东汉经学学术风格的回应，也是清代经学学术风格的源头。章学诚的《著录》是一部综合性的文史著作，对清代薛烛与儒学的渊源有详细的描述。可惜Pi对此视而不见。他站在“现代文学”(西方文学)和“汉学”的立场上，用自己的意志压制儒家经典的衰落。说到底，皮的分期法是为了突出现代经学在清代的“复兴”。
作为政治工具
皮视经学为“有用、昌盛、无用、衰微”，完全把经学视为政治工具。他认为经学的衰落是由于章句之学的发展，使得后世的经学教师偏离了教师的方法和为现实政治服务的目标而衰落。众所周知，汉代经学的衰落，正是因为经学与政治之间未能保持一定的张力，与现实政治过于接近。汉代经学的神学预言是其衰落的重要原因。皮站在西方经学立场上的经学分期方法，家族色彩和主观性太强，不能真正揭示经学。