黄陵寺的建筑布局
佛寺大门
山门建在河边平台上，海拔75.56米。到了宋代，山门里还有两匹石马。清代嘉庆以前是“内廷”。嘉庆八年(1803)，重庆的政府官员赵看到内廷的宫墙因长年风雨而倒塌，便主张重修，将内廷改造成戏台，并题词。
《东湖县志》载有艺术记录。王百信在同治甲子年(1864)所作的《修武侯祠、筑黄牛峡造像录》中，整篇都在讲修武侯祠、修旧造像，没有提到山门被洪水冲毁或重修的那句话。这从一个侧面说明山门建成后经受住了1860长江洪水的考验。然而，从现存的黄陵寺1874，黄兆民记载，“当我到达寺庙，山门是关闭的。同治九年，我被水浸湿，瓦砾成堆。”根据记载可以推断，黄陵寺大门是在同治九年(1870)被长江洪水冲毁的。
现存黄陵寺山门，清光绪十二年(1886)冬重修。是砖木结构，框架结构。山门外有三十三级十八级石阶，寓意三十三天，十八层地狱。
禹王殿
该寺是黄陵寺现存建筑群的主体建筑，建在比山门地基高19米的平台上。是一座重檐，斗式木结构，八间香橼房。原是灰筒瓦屋面，五开间宽18.44m，进深16.02m，柱净面积295.4m，顶棚高度19m，顶棚高度17.74m..占地面积4000平方米。梁芳上的碑文写道:“明朝万历年间下午，孟东吉奉一大夫之命，得知夷陵郡判官吴从哲谋位，要从三处侍奉一臣，在此镇上等良人...共同建设”。正殿金柱底座上的小碑，俗称七寸碑文，至今依稀可见，横批为；“永远永远”，竖刻为“大明园湖广荆州府归州四十六年□月”。殿前檐下，碑文写着“弓玄永恒”，碑文是“辛巳年拜季春齐悦日立王辉爵位”。上檐的题字是“丁丁江澜”，题字是“甘龙十四岁，罗子歌的爵位已与书合”。
1983年，黄陵寺王宇殿计划大修时，古建筑专家对该殿进行了科学勘察和论证，指出“根据殿内梁额铭文，明万历四十六年(1618)重修，清代雍正、乾隆、光绪年间多次重修，光绪十七年重修。”单体建筑主要由三部分组成:台铭、木架和屋顶...正殿的三个部分都是完整的明代原物”。这是王宇寺遭受长江历史上1860和1870两次大洪水，但未被摧毁的基本结论。
从黄陵寺保存下来的遗物、遗物、水文碑刻、历史记载和民间传说，也可以证明王宇寺根本没有被那场特大洪水摧毁。
王宇寺的36根楠木柱保留了澄江1870同样水位的淤泥痕迹，高达37米。洪水影响了栏杆，下檐的牌匾“永远的弓玄”被洪水淹没了47厘米。立柱明明是黑黄相间的，没被洪水淹没的上端是黑色，也就是本色；被洪水淹没的下端呈淡黄色，圆柱表面的裂缝里还涂抹着澄江泥。据水利部长江水利委员会专家介绍，1870年长江特大洪水水位为海拔81.16米，秒流量为11万立方米。1985维修期间，通过科学勘察，确认正殿36根南本柱上的渍水标记是1870年长江三峡洪水位的历史记录。1985年，在修复王宇庙油饰的过程中，考虑到其在长江水文史上的重要地位，特别是在庙的东北角，留下两根柱子未上漆，作为重要的水文文物加以保护。
屈原殿
1860洪水不涉及此庙，1870洪水水深1米。这座神庙建在一个比王宇神庙高27米的平台上。建于清朝雍正年间，咸丰、同治年间重建，抗日战争时期被国民党三十军拆毁焚烧。
祖师殿
又名佛寺，1870洪水上涨三级或50厘米，水就会进入此寺。该庙建在比屈原庙基高15米的平台上。据《黄陵寺一游》记载，该寺建于明代，明朝皇帝大多信奉道教。破坏和战败的情况和屈原厅一样。
据一位四十多岁曾在该寺出家的老人杨昌明(当地，1995去世)说，抗战前，该寺主人是宽德，日军占领义昌，国民党军队退守该寺，将僧人全部赶走。王宇庙不是因为储存口粮和马匹而被拆除的，屈原庙和佛寺都被拆除和烧毁。据老一代人说，老庚午年(1870)洪水很严重。屈原庙齐腰深的水，要是涨三级，早就淹没佛殿了。侯爵庙
比1860的洪水还惨，被1870的洪水摧毁。该建筑是后人为纪念诸葛亮重修黄牛庙的功德而建，建造日期不详。据《东湖县志》中的艺术记载，诸葛亮祭祀于明末王宇宫的大禹塑像后面，是秦良玉(1574~1648)所建，三十五年前(1772)有一武侯祠供奉诸葛。于是，同治三年(1864)，知府聂光剑会同在任的金大勇，“有黄金若干，主人已命修复旧像。如果像以前那样完工，那就容易让那些香橼瓦漏的人，那些墙头石头摇摇欲坠的人，注意到丹青寺的样子……”
同治三年(1864)，武侯祠于1870年被洪水彻底毁坏，祠内墙上嵌有光绪十三年(1887)罗钦深所写的碑文:“光绪二年，造救生船，于祠、武侯祠上下尊崇，因咸丰庚。
武侯祠是清光绪十二年(1886)罗进重修的。原来，它坐落在王宇庙的左平台上，正好与王宇庙的前檐成一条直线，其地基比王宇庙低70厘米。建筑占地面积155.6平方米，宽度12.2米，三开间，进深12.58米，四开间。框架式砖木结构，单檐硬顶，小青瓦顶，高9.6米。
1983年，王宇庙维修方案拟定时，专家们鉴于武侯祠离大雄宝殿较近，不仅破坏了大雄宝殿端庄壮观的形象，而且阻碍了大雄宝殿的架设施工，于是将原武侯祠移至大雄宝殿后的东北角，形成了另一条轴线。建筑占地面积160平方米。祠内展示三国历史故事的雕像和壁画栩栩如生，飘扬的帏帐中挂着一条黑色缎带围巾的诸葛亮雕像再现了诸葛亮足智多谋的形象。
黄愚馆
经过咸丰十年，同治九年两次水灾，亭子外观已经坍塌。
此亭原建在黄陵庙左侧，相距200米，俗称“小庙”，黄陵庙则为“大庙”。亭基比王宇庙低42厘米。寺内光绪十九年(1893)碑文《玉皇阁重修竣工序》中说:“夷陵上游九十里有玉皇阁，为牛大观。宫殿雄伟壮丽，与黄陵庙永垂不朽，至今已逾百年……”由此可见，这座亭子的修建时间晚于清朝乾隆年间，前后两次经过咸丰十年和同治九年。寺庙外观已毁，但亭后仍有咸丰四年(1854)僧墓。墓室呈石塔状，经历了1860和1870两次大洪水而未倾覆。
光绪十九年(1893)重建的黄愚馆于1954年被白蚁破坏，现址犹存。黄陵寺明清古建筑保存的1860、1870年长江洪水位记录，以及湖北宜昌都督府管道水师助理营乌镇马巴图鲁罗1874年写的《游黄陵寺记》和1887年的秦家提督称号。
《宜昌州府志》、《东湖县志》中的洪水记载与黄陵庙古建筑中保存的遗物、遗迹、历史水文碑刻基本一致。