名侦探柯南1~697所有关于黑人组织和美国联邦调查局的剧集。
阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏自己的身份，改名为江户川·柯南，并转学到迪丹小学。
4都市码图少年调查组成立。
5.新干线爆炸事件
52雾狗传说在漫画中，柯南学会了杜松子酒和伏特加的代号(在动画中，是雾狗杀人的标题)。
43柯南在江户川被绑架，工藤和他的妻子得知了柯南的身份。
48-49服部平次，外交官谋杀案出现，柯南白喝了一杯暂时恢复。
柯南遇到了黑暗组织成员龙舌兰，却被杀了。
服部平次知道柯南的身份，开始合作。
128海原爱的姐姐宫野明美被杜松子酒杀死。
129宫野志保，一所女子大学的谋杀教授，来自一个黑暗组织，也变小了，逃离了这个组织，去了阿笠博士家。她把药品的名称定为APTX4869，转到了迪丹小学。
130-131竞技场无差别胁迫海巴拉艾透露，该组织早在半个世纪前就策划了一个大计划。
176-178告别黑暗组柯南和阿沙拉在放学回家的路上发现了金的保时捷，于是他们对其进行了追踪，但金却在上面发现了追踪器。但柯南还是查出了黑暗集团要在贝尔维尤酒店实施暗杀活动的是代号为皮斯科的组织成员。柯南和足原到达北湖酒店，但金已经通知皮斯科雪莉在跟踪她，并告诉他雪莉一定会去北湖酒店。暗杀发生后，皮斯科偶然遇到了足原，认出她就是雪莉，于是她被打了麻药昏迷，躲在酒店的酒窖里。柯南和足原取得联系后，让她尝试喝酒，结果徒劳无功。结果阿沙拉也变回了成年人的身材，并且能够从烟囱逃到酒店顶楼。没想到，杜松子酒和伏特加已经在顶楼了。在杜松子酒的折磨下，足原拒绝说出自己脱离组织后的所作所为，身中数枪。柯南这时赶到，把杜松子酒灌醉了麻。与此同时，阿沙拉再次从烟囱逃回酒窖。此时白功的药效已过，阿莎拉的身体又变回来了。然后皮斯科终于露出了真面目。在即将处决足原的时候，柯南再次火速上演英雄救美，而皮斯科则因为刺杀过程中一个不可挽回的失误，被琴声灭口。(贝尔摩当时也在现场，事后拍了照片，在日本定居。因为她觉得当时有其他组织的成员在场，柯南开始怀疑事后她也是该组织的成员。
170-171新出智明的父亲被继母杀害，在柯南的协助下破案。(新正式出道)
贝尔摩制造了一场车祸，企图杀死新出智明一家，并开始冒充新出智明。另一方面，长大后的朱迪加入了美国联邦调查局，追踪贝尔摩来到了日本。察觉到贝尔摩的企图后，她秘密地救了新出智明，并作为一名英语老师隐藏在迪丹高中进行监视。
188-193危急复活柯南变回新骑士一身黑衣遇到了化身为新贝尔摩被朱迪老师发现的兰。
226-227格斗游戏的陷阱朱迪遇到了柯南，看到他在园方的帮助下破案(这是朱迪第一次正式亮相，显然她发现柯南不简单，可能已经知道内情)。
230-231神秘乘客在这一集的开头，杜松子酒和贝尔摩之间的一场戏说明这一集和主线有关。少年侦探队和医生在公交车上遇到了一起去美术馆的朱迪和新人。这时，艾感觉到大巴车上的组织成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下劫匪终于被抓到，但艾还是待在快要爆炸的车里想死。最后被柯南解救(看来组织成员艾觉得是贝尔摩，和她在一起的朱迪应该是在监视它的行踪。好在在柯南的掩护下，不管是朱迪还是贝尔。同时，这一集也是赤井秀一的首次正式亮相。在结尾，他的报告显示他在监视某人，这应该是为了帮助朱迪监视贝尔摩。
253-254这个大厅里的犯罪爱情故事4新医生可能找到了柯南并分析了案情，用了变声器。
258-259芝加哥人柯南等人认识了芝加哥老人詹姆斯·布莱克。后来因为被误认为名人而被绑架，在柯南的帮助下获救，被赤井接走。与此同时，詹姆斯也发现柯南不同寻常，称柯南为福尔摩斯和酷哥。
269-270犯罪大事记中提到，与毛利小五郎有关的文件被盗，然后被送回，暗示有人在调查他们，这让柯南相当紧张。是贝尔摩偷了案卷，主要目的是了解与新问题有关的案情(可惜细节还没找到)。窃取所有相关案件档案的目的是误导美国联邦调查局，使其认为她的目标与毛利人有关。故事结尾有一张赤井监视毛利侦探所的照片，可见美国联邦调查局真的把目光投向了毛利人。
271-272匆匆无视柯南再次在朱迪面前破案(这一集有几点值得注意:第一，朱迪在谈话中暗示柯南的身份已经暴露，提到了美国联邦调查局。第二，在该案中，兰回忆说她曾见过一个“戴黑色针织帽的男人”()；最后，在故事的结尾，贝尔摩给琴酒发了一封邮件，提到了雪利酒，给(艾)的十字照片发了飞镖，旁边还有柯南和兰的照片)。
277-278西方名侦探vs英语老师的档案丢失让柯南非常不安。他基本肯定了克里斯是该组织成员，并进一步怀疑朱迪就是克里斯。碰巧来到这里的服部哲对此很感兴趣，于是鼓励柯南去朱迪的公寓探险，双方接触过程中发生了一起命案。虽然案子破了，但是朱迪的探索失败了。(这一集的重点是柯南和兰最后出现在朱迪浴室镜子后面的照片，照片上的字迹和贝尔摩的一模一样。据后来说的，这是朱迪潜入新房间(即贝尔摩)发现相关照片后复制的。同时，朱迪也了解到贝尔摩的目标是服丧。另外，柯南最后说，除了朱迪，另外两个可疑人物应该是赤井和新一。
286-288工藤新一纽约事件毛利兰回忆起她和新一去纽约玩时发生的事情。
Haibara Ai提到，沼渊己一郎是该组织的成员。
307-308无声的证据小五郎受委托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从当事人的对话中，柯南得知他是龙舌兰酒的联系对象，龙舌兰酒是一个组织成员，在电子游戏一家公司的谋杀案中被杀。最后，柯南通过追查案件，得到了该组织的线索——板仓日记(在案件的最后，柯南和蓝遇到了，并提到了)。此外，柯南还了解到，兰和赤井是在那一年认识的。
309-311与黑组织的接触柯南通过半仓的日记得知了黑组织的行踪，并试图冒充半仓与伏特加的接头，但被琴酒识破未果，差点被琴酒抓住(柯南与艾离开时，恰好被阿凯看到，好像艾对其有所感觉；在板仓的日记中，提到了黑暗组织的庞大计划甚至影响着人类的未来。
329-330金钱买不到的友谊阿笠博士提到，艾的父亲宫野厚司是著名的疯狂科学家，母亲艾琳娜是英国留学生，黑暗集团可能在搞一个起死回生的计划。
335-336杜东现象研究所的秘密少年侦探队遇到了一起谋杀案，柯南帮助解决了它。值得注意的是，柯南和艾在整个故事中都感觉到自己被跟踪，但跟踪者最终被迫放弃。(最后，赤井秀一出现了，表明跟着他们的人是美国联邦调查局。由于艾与照片中的人物相似，美国联邦调查局猜测她就是贝尔摩的目标。此外，赤井最后对艾的照片说“太像了”，暗示他和艾以前就认识。奇怪的是，朱迪和阿凯似乎并不经常联系，也不经常交换信息。
338-339四保时捷艾感冒发烧。医生和柯南带他去了医院，却被停车场的一桩命案挡住了去路。后来，他们在购物时遇到了兰、花园和朱迪，发现他们行踪的跟在他们后面。最后柯南破案了，医生却借了朱迪的车送艾回家，找了新医生给艾看病。在故事的最后，贝尔摩烧掉了艾的照片，说:“你准备好了吗？我找到了，我去找你”(这是一次彻底的暴露，贝尔摩和美国联邦调查局夫妇都知道她的地址，贝尔摩还在医生家安装了窃听装置)。
340-341藏在厕所里的秘密医生家被窃听了。医生在父亲去世前带着柯南和艾去拜访他的朋友，设计师走出小岛，试图更多地了解他的父亲。当然，设计院必然还会有另一桩命案。柯南破案的时候，还找到了艾的姐姐设法藏在设计院，艾的妈妈留给艾的那盘磁带。(艾的妈妈应该在19岁留给艾的录音里提到过一些惊人的事情，但是因为青山爱当悬疑的爱好，我们至今一无所知。此外，在故事的最后，贝尔莫尔叫来了组织成员“卡尔·多瓦斯”(即苹果酒)帮忙，正在策划一场行动。
便利店的陷阱343-344朱迪辞去了迪丹高中的老师(显然会有所作为)。然而，当兰和花园去朱迪的家聚会时，兰意外地发现了镜子后面的照片，感到非常可疑，于是她在月圆之夜的双重神秘中潜入朱迪的汽车后备箱，并在最后一刻救了艾。另一方面，贝尔摩没有开枪打兰，称她为天使。显然，她不想伤害兰。很多人都认为是信义和兰在她伪装成银发杀人犯的时候救了她。
与黑组织面对面！月圆之夜的二元之谜贝尔摩利用鬼船活动邀请了小五郎、新一和金，试图分散柯南的注意力，暗杀艾。朱迪得知了这个计划，先带走了艾，并试图将贝尔摩引入陷阱，但贝尔摩已经知道了这个陷阱，并为此做了安排。另一方面，柯南邀请服部平次乔装打扮去参加聚会，并在母亲佑希的帮助下化妆成丧，试图联系黑组织；但艾不放心柯南去，偷了柯南的追踪眼镜跟着他。最后，兰躲在朱迪汽车的后备箱里，因为她想知道朱迪的真实身份...真的很复杂。最终，贝尔摩逃脱了阿凯，又一次放过了柯南，并把柯南和艾藏在琴酒里，但朱蒂设法骗过了依然一无所知的兰。贝尔摩给组织的老板/先生/领导发邮件时，柯南听到了击键声。
374-375明星和香烟的秘密代码。山村警官给他奶奶发了一条信息。开头的关键语气很像Boss的邮箱。它是鸟取县。
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不协和音柯南等人去了一个钢琴家庭，得知那天听到的击键声是七个孩子的曲子。
394-396怪屋奇遇柯南得知了Boss的手机号。
425黑暗冲击！在魔爪伸出的一瞬间，小五郎在与播音员的一次对话中得知自己被恶作剧的门铃困扰，便与柯南、兰一起前往火龙果的家。虽然小五郎等人抓到了犯人，但此时柯南从安装的监听装置中意识到，可惜奈其实是黑组织的黑帮成员。随后，该黑组织制定计划，于下午1点在埃迪P刺杀一名代号为DJ的男子。被美国联邦调查局和柯南拦住，水无怜奈受伤昏迷。(本期节目中，黑人组织出现了两位新成员:狙击手基安蒂酒和科恩)
429-430不能回头的本堂瑛祐出现了。
462-465黑暗组织贝尔摩的影子去了水无怜奈一个事故目击者的家里，引起了柯南的注意。小兰的新同学本堂瑛祐在《毛利侦探社》做客时，有意无意地把话题引到了水无怜奈，希望柯南等人前去调查，这引起了柯南的警惕。目击水无怜奈事故的孩子被一个怀疑是贝尔摩的陌生女人质问，贝尔摩的咒语出现了。
柯南和海原爱调查了484-485张黑人照片的下落，并获得了本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐和水无怜奈的身份越来越清晰。
491-504红黑本堂瑛祐的碰撞总是给柯南不好的感觉。他四处寻找他的妹妹唐本·英海。这个大厅里的瀛海和水无怜奈长得一模一样，但是血型不对。与此同时，黑暗集团到处寻找水无怜奈，得到美国联邦调查局帮助的水无怜奈假装昏迷不醒。被本堂瑛祐攻击后，他不得不说出自己的真实身份。原来，水无怜奈是美国中央情报局的卧底，水无怜奈答应赤井秀一回到该组织，但他接到的第一个任务是杀死赤井秀一。赤井秀一有牺牲的嫌疑。
507-508歌厅的一角本堂瑛祐知道了柯南的身份并打算离开日本。柯南对赤井秀一之死的态度很奇怪。
509红、白、黄和侦探小组水无怜奈向朱迪泄露了信息，并组织了一个强大的波旁侦探。工藤新一的房子搬到了一个名叫冲矢昴的新房客那里。据海原爱反应，此人人脉很广。他是组织的卧底波旁还是重生的赤井秀一？
511推理对抗！心怡VS冲矢昴柯南发现冲矢昴推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波旁酒。
521杀人犯工藤新一·工藤新一第三次康复了。
仇恨的蓝色火花柯南和冲矢昴合作默契。
542-543海原艾，鱼消失的那块角岩，再一次感受到了冲矢昴的压迫感。
563-564侦探队VS土匪队脸上出现烧伤疤痕和疑似赤井秀一的人。右眼有明显的烧伤疤痕。最后，男子拿起劫匪的枪，在柯南被劫匪劫持的紧张时刻向他开枪。(根据漫画，这个人是右撇子。)
赤井秀一非常喜欢波旁威士忌。
578-581召唤危机的红色前兆，黑色和13的暗示，临近的黑色时刻，红色的摇摆目标。疑似赤井秀一的人再次出现。与此同时，商场里的朱迪老师收到了“这里很危险，快跑”的纸条(没有明确指出是谁留下的，但朱迪认为是赤井秀一留下的，刀疤男是赤井秀一)。这时，冲矢昴正在商场里，他第一次见到了刀疤男，但是刀疤男没有找到他。刀疤男用别人的手机把商场里发生的案件推理发给了毛利小五郎。金、基安蒂酒等人试图测试赤井秀一是否还活着，以此来证明基尔是否是卧底，但柯南巧妙地引走了他。与此同时，常也在寻找刀疤男，但刀疤男在瞄准时对着眼前的景象诡异地一笑。
616-621福尔摩斯无声录工藤新一第四次来到伦敦康复，也是第一次向毛利兰正面表白；也说明工藤夫妇知道海原爱是APTX4869的开发者。
622-623紧急电话252阿笠博士被绑架了。在影片的最后，海原爱再次表达了对冲矢昴的强烈质疑。
646-647幽灵酒店的推理对抗
648-650侦探事务所的凯奇市事务
自称侦探的世良真纯出现了，并被转到了迪丹高中。
651柯南VS平吉东西方侦探推理对决朱迪和卡姆迈耶在看到世良的照片后说世良“像某个人”，而詹姆斯第一眼看到世良就是个女生。
656-657博士的网站石亮，在第一次看到656-657博士上传的视频时，就发现了印在博士眼镜上的海原爱的影子，并从和元夫人那里打听了“博士的小姑娘”(也就是海原爱)和她的邻居(也就是)的情况，可见她对足原很感兴趣。他对着冲矢昴的窗户说，“我还以为是谁刚搬进来，但现在看来，真的很让人担心...”最后，施亮在电脑里删除了金枪鱼频率中意外拍摄的灰色图像。
667-668婚礼前夕，自称侦探的安石头出现，在事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
671-674侦探冲矢昴的噩梦脱口而出“不要露出那种表情”，这似乎让足原感到相当担忧。
伯莫多给波旁打电话，同时，崇雅、世良、安石在接电话。波旁酒似乎是三种酒之一。
675-676根本不原谅世良。他似乎对新一大早就有所了解，对足原也表现出了兴趣。石亮说，他认识一个“从来不笑的人”，在注意到刀疤一休的存在后，他非常关注它。
足原回忆说，冲矢的那句“不要露出那种表情”和一直在组织卧底的竹兴达(也就是赤井秀一)的用词很像。681危及生命的爱情广播(广播开始)
682危及生命的爱情广播(绝望)
683危及生命的爱情广播(现场突破)
警视厅受到挑战，高木的生命危在旦夕。佐藤能救他吗？警察前辈们口中的“第一名”；安世通和警方有什么千丝万缕的联系？
684泡沫、蒸汽和烟雾(上)
685泡沫、蒸汽和烟雾(第二部分)
重赛和海原爱；萧艾对冲矢昴的强烈好奇心；冲矢昴的“私人领地”是解开其身份之谜的钥匙吗？