纵贯线铁路台南—打狗段于1900年通车后,于今日高雄港车站处设立打狗停车场作为纵贯线端点站。1907年,由打狗另辟“凤山支线”:经三块厝、大港埔至凤山,此後陆续延伸至屏东,为今屏东线之前身。
随着铁路客运量与货运量显著增加,车站渐不敷使用,因此配合都市计划,于当时仍属未开发地带、腹地宽广的大港埔兴建新车站;另外也一并将新车站周围的新市区开发纳入考量。新车站于1933年动工兴建,1940年完工,1941年6月22日高雄驿正式启用,同日原高雄驿改称高雄港驿。
新高雄站址距凤山支线时代即有的三块厝驿极近,稍后便在客货运方面完全接替业务,终至废止。
1941年6月22日:高雄驿落成。
1971年10月31日:增设高雄后站。
2002年3月28日:配合三铁共构工程,旧站房向东南移动82.6米保存,并修建为“高雄愿景馆”;临时车站启用。 2008年3月9日:临时站随着高雄捷运红线“桥头火车站—小港”段正式通车而启用。