如何处理历史遗留的违法建筑问题

允许历史遗留的“违法建筑”进行不动产登记，一方面是为了保证其暂存期限与合法房屋在登记义务上的一致性——只有登记并缴纳登记费后，房屋才能被占有、使用和受益；另一方面，有利于新一轮城市建设中“违法建筑”的“摸清情况”。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款规定，作出房屋征收决定前，市、县级人民政府应当组织有关部门依法对征收范围内未登记的建筑物进行调查、认定和处理。那么，通过对存量“违建”进行预登记，无疑将为具体征收过程中的查处提供极大的便利。

此外，对于违法建设行为人，不动产登记可以确定其对建筑物的产权边界。因为历史遗留的“违法建筑”是允许暂存的，在暂存期间，建设行为人的财产所有权被默认为合法，所以这种权利的确认也会增加其财产安全系数。

(B)增加现有“非法建筑物”的纳税义务

为配合上述制度建设，还应增加“违法建筑”的纳税义务。这种操作路径在国外，台湾省，澳门都有。一方面，对违法建设行为人征税有助于建立合法的建设税收公平和正常的市场秩序，避免不诚信者和违法者得利的“冤大头”现象。另一方面，也会使潜在的违法建设行为人考虑税收的经济负担，抑制其建设积极性，从而达到遏制违法建设行为增加的目的。

法律依据:《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条第二款。市、县人民政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门对征收范围内未经登记的建筑物依法进行调查、认定和处理。