SSR标记的特点

发现微卫星中重复单元的数目具有高度可变性，表现为微卫星数目的非整倍体变异或重复单元序列中的序列可能不完全相同，从而导致多个基因座的多态性。如果能揭示这些突变，我们就能发现不同物种甚至不同个体中不同SSR的多态性。基于这种想法，人们开发了SSR标记。SSR标记又称序列标签微卫星位点，缩写为STMS，是目前最常用的微卫星标记之一。由于基因组中特定微卫星的侧翼序列通常是保守性很强的单一序列，因此可以对微卫星侧翼的DNA片段进行克隆测序，然后根据微卫星的侧翼序列人工合成引物进行PCR扩增，从而可以扩增出单一的微卫星位点。由于单个微卫星基因座中重复单位数量的变异，个体扩增产物长度的变异导致长度多态性，称为简单序列重复长度多态性(simple sequence repeat length polymorphism，SSLP)，每个扩增的基因座代表该基因座的一对等位基因。因为SSR重复的数目变化很大，所以SSR标记可以揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。

与其他分子标记相比，SSR标记具有以下优势:(1)丰富，覆盖全基因组，揭示高度多态性；(2)具有多等位基因的特点，提供的信息量大；(3)以孟德尔方式遗传，表现* * *显性；(4)每个基因座由设计的引物序列确定，便于不同实验室相互交流合作开发引物。