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这里主要涉及两个概念：商标权、商号权。
商标权是商标专用权的简称，是指商标主管机关依法授予商标所有人对其注册商标受国家法律保护的专有权。
商标注册主要由国家工商行政管理总局商标局主管，全国范围内，相同或近似行业不允许重名或其他混淆商标存在。
商号权是指商业主体对其注册取得的商业名称依法享有的专有使用权。商号权人可依法使用其商号，且有权禁止他人重复登记或擅自冒用、盗用其商号，并有权对侵害其商号权行为提起诉讼要求赔偿。
商号登记主要由各个地方的工商局主管，这套制度有相当的局限性。
所以，别人还能注册和你网站同名字的公司。
工商局目前只能在辖区内审核有无重名，也就是平时所说的公司核名，但是不会将这些信息与已注册商标进行对比。
但是这在实际中并不妨碍你维护自己的商标权利。一旦后注册主体侵权，依旧是要承担侵权责任的。
其次，你这个问题还有可能涉及：域名权。
域名权是域名所有者针对域名享有的各种权利，属于知识产权的一种，权利人对之享有使用、收益并排除他人干涉的权利。域名也称为网址，是连接到互联网上计算机的数字化地址，代表着入网申请者的身份，是互联网中用于解决地址对应问题的一种方法。[资政知识产权]
