准格尔旗的历史沿革
新石器时代(距今7000年至4000年)，仰韶文化人从陕西、河南等地迁入。在鄂尔多斯地区开垦土地并把它变成一个农业区。这一时期，人类遗存遍布鄂尔多斯高原，准格尔旗有马芬、窑子梁、关帝、杨湾、何家沙北、张家圪旦等遗址。龙山文化晚期(距今4000多年前)，岱海老虎山文化的后裔定居鄂尔多斯，与此同时，晋南、关中地区的文化群体和青海、甘肃地区的齐家文化群体也东移至鄂尔多斯。当时鄂尔多斯高原的生态环境正由森林草原向草原环境演变，气候逐渐变冷，促进了农业经济向半农业经济的发展。这一时期准格尔旗最具代表性的文化遗址是永兴店、二里半、大口。直到大约3500年前，准格尔旗和鄂尔多斯其他地区一样，逐渐转变为以畜牧业为主的社会经济状态。
当中原进入青铜时代(也就是夏商时期)，鄂尔多斯高原几乎同时也有了青铜。青铜器的使用促进了社会经济的发展；自然环境的变化使游牧经济与农业经济分离。从此，鄂尔多斯成了游牧民族的故乡。当时的高原林草丰美，森林分布在高原的北部、东部和南部，覆盖率达50%以上。
商周时期，准格尔旗多为北方游牧部落占据，有时与中原地区发生冲突。
战国初期，汉、赵、魏分晋，今鄂尔多斯东部准格尔旗部分地区属魏国尚军县管辖。并沿黄河以东10至20公里为界，修筑长城防止外敌入侵。魏国被秦国打败后，被迫割让15郡求和，其中鄂尔多斯东部(今准格尔旗)被并入秦国版图。秦国为了防止北方少数民族的入侵，修筑了从陇西、北地到尚军北部一直到现在的长城，并沿着长城种植了一条榆树林带，史称“豫西塞”。长城以东是秦国尚军郡的辖区，以西是胡林、娄烦等民族的游牧区。
战国中期，匈奴崛起，与鄂尔多斯的胡林、娄烦部落形成强大的联盟集团。趁着秦国吞并六国的战争，他们攻破长城，占领了整个鄂尔多斯高原和陕西、山西北部的部分地区。赵是匈奴的邻居，经常受到匈奴的威胁。赵武灵王时，经过“胡夫骑射”改革，国力大增。公元前306年，他突破胡林和娄烦部落，进入鄂尔多斯高原。他在今天的托克托县和高原西北部的九原县设置云中郡，管辖鄂尔多斯东北和西北，实行军垦，发展农业生产，充实边防。公元前234年，打败赵兵，鄂尔多斯高原归秦所有。然后匈奴渡过黄河，占领鄂尔多斯高原。
秦始皇统一中国后，在鄂尔多斯设县，准格尔旗东部和北部分别属云中郡和九原郡。西南辖明治县、平定县。在准格尔旗那日松镇布图沟发现的古城，被发现是秦朝的严光县。秦末“诸侯反秦，中国扰之，秦动之，守军归”。鄂尔多斯高原被匈奴茅盾汗夺回，并被定为牧区右王。
元朔元年(公元前128年)，汉武帝发动大漠南征之战，派大将卫青打退鄂尔多斯高原上的匈奴部属隋颊王、白羊王，占领鄂尔多斯高原，置郡县，建立准格尔旗主要部属云中郡。
隋朝时，准格尔旗先属玉林县，后属嵊州。据史料记载，开三年(583年)设立玉林关，七年设立宋林县，属云州管辖。近二十年来，先后有葛云州玉林(准格尔旗十二连城古城)、富昌(准格尔旗天顺葛亮古城)、金河(托克托县哈拉坂神古城)三县夺得该州。大业五年(609年)，杨迪改嵊州为榆林县，仍领导榆林县、福昌县、金河县，共有2230户，管辖榆林县，包括托克托县、和林格尔县在今准格尔旗、呼和浩特的部分地区。大业三年，炀帝北巡，在嵊州玉林县(准格尔旗十二连城古城)设宴款待契丹、等突厥各部、各部首领3500人，嵊州名扬天下。
唐朝贞观三年，唐朝夺得盛国(隋朝榆林县)。天宝元年改玉林郡，甘源元年改称嵊州。统领榆林(今准格尔旗十二连城古城)和滨江(今准格尔旗天顺葛亮古城)两县。户口1187，人口20952，自治州玉林县人。
五代十国时期，中国西北的一个叫藏才(又译臧察尔)的小氏族，趁着战乱进入鄂尔多斯高原东部的准格尔旗。辽国攻打西夏时，藏才首领王率兵依附辽国，辽国封他为牛尾将军，并帮助他在准格尔旗镇二场渠村修建了城池和码头。宋开宝二年(969)，王归宋，宋词封其为凤州。当时北宋称凤州(准格尔旗那日松镇二场渠村古城)、抚州(今陕西省府谷县)、林州(今陕西省神木县北杨家城)“河外三州”。三州呈之字形分布，互相照应，固守北宋的北门。因此，北宋非常重视凤州城，封王为凤州都督，后升任防卫使，为后人所继承。1126年，金灭北宋时，西夏人趁机占领了丰州城，丰州城一度被金人夺取，但后来又归还西夏。
成吉思汗在漠北统一蒙古各部后，逐渐南下，灭金灭西夏，准格尔旗被元朝占领。宋元时期，鄂尔多斯高原东南部有一片以油松、杜松为主要树种的林区，东北与山西西北部相连，西南与陕西榆林相连。然而，由于气候变化、人为砍伐和战争破坏的影响，森林逐年衰弱。如今，准格尔旗著名的“油松之王”自然诞生于北宋英宗年间。
明朝洪武四年(1371)，明军攻陷东胜府(今托克托县古城)，并设立驻军。同年，袁志书院与帖木儿等人联合，在东胜卫戍及鄂尔多斯高原东北一带，损失五千户，包括保赤、五华城、卧鲁呼奴、阎志、翁吉等地，安置在蒙古。二十五年后，东胜分为东胜左、右、中、前、后五卫，次年东胜中、前、后被停止。东胜右卫所，即现在的准格尔旗十二连城古城。永乐元年(1403)，东升佐为、右卫移民内地。正统三年(1438)，又恢复了，但很快就废了。
明朝宣德年间(1426—1435)，蒙古各部势力日益向南扩散，威胁到明朝北部地区的安全，明朝开始在北部设置边城，修筑边墙，其中在鄂尔多斯高原南部修筑了岩穗边墙。这面墙东起准格尔旗龙口镇大站村子城岩，西至宁夏盐池东北。从此成为内蒙古鄂尔多斯市(原伊克昭盟)与陕西省的分界线。
清朝顺治六年(公元1649年)，清廷将鄂尔多斯部落划分为鄂尔多斯左翼前、中、后和鄂尔多斯右翼前、中、后六个札克旗。鄂尔多斯左前旗，俗称准格尔旗。至此，准格尔旗初步建成旗政，由宰相扎萨克管理。
顺治年间，清帝为了加强对鄂尔多斯部落的控制，将长城以北五十里、东西两千里的地区划定为禁地，俗称“黑土地”。明确规定汉族农民不得越过长城进入鄂尔多斯牧场，鄂尔多斯牧民不得进入这一禁区，更不得越过长城进入汉族地区，进一步强化了准格尔旗的南界。
康熙三十六年(1697)，清廷允许陕北汉人越过长城，在“黑土地”上耕种，每年向蒙奇王宓缴纳白银。雍正八年(1730)，允许汉人在长城以北五十里范围内越界耕种，于是准格尔旗的农田逐渐增多，草场开始萎缩。
宣彤三年(公元1911)，爱新觉罗·溥仪退位后，袁世凯成为中华民国临时大总统，并宣布“清廷对蒙政策继续生效”。因此，盟旗制继续实行，七旗的行政区划保持不变。民国元年(1912)，中华民国北京政府成立，仍对清制度进行打击。抗日战争时期，马占山接受国民政府“镇守沂蒙山、守河”的命令，率部进入准格尔旗抗日。他一直坚持到日军投降，然后领兵撤退。
1948年4月，准格尔旗解放，成立准格尔旗临时政务委员会，政府驻地设在沙圪堵。1950年4月，准格尔旗最后一代扎萨克其福海回沙格受阻，移交印度，旗政最终统一到人民政府。1955年9月，该旗人民政府更名为该旗人民委员会。1968年4月更名为革命委员会。1981 1更名为人民政府至今。8月，1999，旗人民政府驻地从沙圪堵迁至薛家湾。