黄的历史
据寺前右侧约1 km处的惠南墓石刻记载，惠南是江西省玉山县人。是“一个年龄很深的孩子，一个成年人，没有无情，没有嬉闹。”11岁出家，19岁获赠脚环。先拜靖安县宝峰寺云门宗怀城为师，后拜恒山福严寺林继宗师双慈民为师。先后修过同安寺、庐山归宗寺，晚年住在黄龙寺。在黄龙，辉南“传世石霜之印，助三生”，创“命缘”、“佛手”、“驴脚”、“三通”，开同类见禅之先河。《黄龙三关》的创作，从平常做起，步步为营，深入环环，激励文人，跳出俗套，扫除执著。他赢得了“三关困虎，十方破”的美誉，成为一个黄龙的案例，感动世界，震动丛林。他被认为是始祖和黄龙的创始人。寺前三官桥旁的石亭上有“关者”等文字记载，寺内右侧人坑石壁上的“三官”仍清晰可见。北宋诗人黄庭坚将慧南禅师的“三过”之法比作熔炉，称赞其为“为自己熔圣铜”，称赞慧南为“真正的丛林大师”。
在惠南的影响下，后来僧人辈出，师徒“席卷天下”。据说辉南大法弟子有83人，都是名刹的住持。其中黄龙祖辛、宝丰柯文、林东长宗三位禅师，气势恢宏，被称为黄龙三系，有“鹿野狐园二百僧千人”之说，影响遍及全球。而且这些高僧和朝廷显贵，比如宰相王安石、张商英，权臣徐福、韩举，还有著名的儒家三苏父子黄庭坚、黄庭坚
朝鲜佛教徒在黄龙派的巨大影响下，欣然接佛，皈依了黄龙五世王，他继位后，黄龙派在朝鲜广泛传播。日本僧人明荣安·Xi拜黄龙八真人尼姑庵为师。经过两年的学习，返回中国，并被提升为和尚郑。他还在日本倡导黄龙学，倡导日本禅宗，使黄龙传人遍布日本。至今黄龙派有15个部落。近年来，日本多次派人参拜黄龙祠堂。黄经日韩传至东南亚，又从东南亚传至欧美，使黄成为一个信众遍布、影响遍及全球的大教派，在佛教界影响深远而广泛。宋明理学大师周敦颐曾自诩“吾妙心真悟黄龙”。
到了明朝，黄龙寺也兴盛起来。万历年间，第四十七代禅师盛安入黄龙寺，宗风深远。万历三十八年，盛宴将殿宇廖芳的地产分为东、西两阶，两阶同时开发，与宗室风格共振。
清康熙年间，冰鉴禅师进入黄龙寺后，创办了佛印、道滘、南禅三院，并开设了大殿。到清朝末年，“信徒多达五百人”，达到顶峰。到清末，已经流传了70多代。