(2008?小明要探究的问题是种子呼吸的产物。他设计了以下实验:一个瓶子里装满发芽的种子。

生物体在细胞内线粒体上进行一系列氧化分解，最终产生二氧化碳和水，并释放能量的过程称为呼吸作用。

在(1)所示的实验装置中，发芽的种子呼吸旺盛，呼吸作用吸收氧气产生二氧化碳，所以一段时间后，清澈的石灰水变得浑浊。

(2)该实验作为探究性实验缺乏对比性。对照实验是指在研究一个条件对研究对象的影响时，除了这个条件外，其他条件都相同的实验。这个题目探讨的是种子的呼吸作用，实验中设置另一个瓶子的目的是为了和图中的那个起到对比的作用。两组实验的变量是种子是否有生命，因此可以用来探索种子的呼吸作用。

(3)种子呼吸的部位主要在细胞的线粒体中。

(4)一段时间后，会发现已经发芽的种子已经停止发芽了，因为种子呼吸时消耗氧气，氧气越来越少，种子无法正常呼吸，所以种子停止发芽。

所以答案是:(1)清澈的石灰水变浑浊了。

(2)相比之下，变量是唯一的。

(3)线粒体

(4)缺氧