鸟脚亚目的发展历史
始祖鸟，以前被认为是侏罗纪发现的唯一鸟类，2004年被认为是恐龙。从发现的标本中，可以明显看出始祖鸟有羽毛；后脚脚趾型；腕掌和跗跖骨愈合；骨盘、锁骨、喙、下颌关节和眼睛的结构与鸟类相似。始祖鸟有带凹槽的牙齿和带尾椎骨的长尾；脊柱双凹型；前翅的掌骨和指骨是游离的，有爪；大脑、胸骨、肋骨和后肢与爬行动物相似。所以始祖鸟被认为是爬行动物和鸟类之间的中间环节。
除了始祖鸟，其他鸟类都属于新翅亚纲，身体结构更接近今天的鸟类。其中，一些白垩纪时期口中长有槽齿的鸟类构成了齿颌亚目，包括黄翅亚目和鱼鸟亚目。新翼龙的其他成员嘴里都没有真正的牙齿。白垩纪开始出现，始新世繁盛，共有34目。近年来，在白垩纪地层中发现了一些灭绝的无齿鸟化石，但大部分是零散的。这些新的颚鸟有四个目。发现于加拿大阿尔伯塔省的晚白垩世地层中，狗牙根目在1940年被命名为狗牙根科，第二种在1971年被报道。该目与齿轮虫目和动物界密切相关。戈壁鸟发现于蒙古戈壁省晚白垩世地层，1974年命名为戈壁鸟，可能是平胸鸟的早期代表。1981年，根据在南美洲晚白垩世地层采集的一些鸟类化石，建立了安蒂鸟属，认为其在进化分类上应介于枝角类和始祖鸟类之间，并建立了安蒂鸟目。1982年，在蒙古发现了新的早白垩世鸟类化石——倭黑猩猩，建立了倭黑猩猩的一个新目。有人指出，它可能是最早的胸部突出的鸟类，与猫头鹰接近。1984年，在中华人民共和国甘肃省玉门市附近的早白垩世地层中发现了鸟类化石。
早第三纪新生代鸟类化石记录很少，始新世和渐新世有较大发展。平胸鸟中开始出现的只有鸵鸟和驼鸟，至今已发现近40种灭绝的化石。第四纪是鸟类极其繁盛的时期。大多数现存物种都来自这一时期。平胸鸟分布在南半球，但始新世在中东和欧洲发现了鸵鸟和鸵鸟的代表。鸵鸟属的化石发现于摩尔达维亚的中新世以及广泛分布于中华人民共和国(中国)、蒙古、欧洲和非洲的上新世和更新世。现存物种的化石发现于蒙古、阿拉伯和阿尔及利亚的更新世。
还有一些鸟类的颌骨上有骨性突起，发现于始新世-上新世，已全部灭绝。骨齿鸟亚目？所有代表都有齿状突，但没有齿状牙齿。有近10属，分布于欧洲、亚洲、美洲和西非。