南京故宫的历史演变
明朝洪武元年(1368)，朱元璋登基为帝，以应天府为南京，开封为北京，次年在凤阳建中都城。由于人力物力全部集中在中都城和宫殿的建设上，南京宫的扩建再次终止。在随后的几年里，只对现存的宫殿进行了必要的维修。
明朝洪武八年(1375)，朱元璋放弃了建中都的计划，专心建南京。在这次修建中，增设了午门左右两个城门，奉天门左右两个东西角门，并增设了文化殿、武英殿等建筑。洪武二十五年(1392)再次修建，在皇城外加建宫墙，以新墙为皇城，原皇城改名为宫城。宫城前修端门、承天门、金水桥，形成丁字广场，向南至1373修建的洪武门。广场东侧有五部(刑部在皇城北面的紧急出口外)，西侧有五个武将府。
南京紫禁城建造过程中，以紫金山的傅贵山为依托，重视风水问题。但由于选址的限制，故宫建在被填平的燕雀湖上。虽然通过打木桩、铺石块、用石灰混凝土捣固等方式对地基进行了加固，但时间一长，地基下沉的问题依然发生，宫内容易形成渍水，排水困难。同时，宫城离外城太近，战时不易防守。
明太祖朱元璋因太子朱标早逝，皇帝的孙子朱允炆继位。年号是文健，是建文帝的年号。文健及其亲信采取措施削藩，在北平周边和城内部署军队，并以防边为名，将明太祖第四子朱迪的侍卫调至长城，准备削太子。明朝皇帝文健认为他已经准备好出航了，于是他秘密下令攻占朱迪，但是没有成功。在北平的朱迪于1399年(明朝文健元年)造反，随后发兵南下，史称“靖南之战”。经过四年战乱，明朝文健四年(1402)，燕王朱迪入侵京城，结果京城失陷，皇宫失火，其他宫殿被烧毁。战争期间，建文帝下落不明，或在宫中自焚身亡，或从地道出逃，躲在余云和贵屿出家为僧。
明朝文健四年(1402)，朱迪在南京当皇帝，仍住在南京故宫，但同时下令迁都北平(今北京)。
明朝永乐四年(1406)，朱迪正式下令在北京元宫原址上修建北京宫。据《明太宗实录》记载:“(北京故宫)有殿、庙、宫、门，像南京的明故宫一样规规矩矩，却又高大宏伟。”
明朝永乐十八年(1420)，北京故宫基本建成。九月初四日，成祖定都北京，派户部尚书夏元吉召皇太子、孙子，十二月底抵京。22日，又下圣旨:明年正月起，改首都为南京，以北京为首都，设六部，称运兴。并把南京的印章拿到京城衙门，铸南京衙门的印章，都是“南京”二字。十一月初四，上书天下，迁都北京。永乐十九年(1421)正月初一正式迁都北京，十一日在小南大拜，十五日赦免。之后，南京故宫不再作为宫殿使用，但仍作为驻京宫使用，由皇室和内大臣管理。
明洪熙元年(1425)，朱迪的长子、仁宗皇帝朱高炽继位后，欲迁都南京。《明仁宗》载:朱高炽“戊戌元年三月弘熙迁都南京，四月诏各京部离，立皇太子(即朱瞻基)至孝陵，故居南京。”南京再次成为明朝名义上的首都。朱高炽还下令恢复南京皇城，但5月后，他突发疾病去世。他的遗诏说:“南北捐了几亿，军民俱陷。四方咸在南京，亦是我心。”由此可见他对迁都南京的刻骨铭心之情。但此时，南京宫的修缮工程仍在进行中，明年底基本完工。此后数百年间，南京故宫很少修缮，风雨损毁严重。
明朝十四年(1449)夏、六月间下了一场雷雨，神参和盖华的寺庙遭雷击起火。
明成化二十一年(1485)，五月，“南京大风连根拔起祠堂树，毁大庙、皇城禽兽吻”。
明朝嘉靖元年(1522)“秋七月，风雨交加，河水泛滥，郊陵城墙尽坏”。
明朝万历二十八年(1600)，传教士利玛窦对北京和南京做了一个比较:这个城市的规模、房屋的布局规划、公共建筑的结构、防御工事都远不如南京。南京明故宫和城市规模可想而知。
明朝崇祯十七年(1644)，李自成率领农民起义军攻占北京。明朝朱由检殉国后，其弟朱友松于同年五月初一骑马从三山门环城向东，祭奠了孝陵和文怡太子陵，再经朝阳门入东华门，祭奠奉先殿，出西华门，以南京卫戍府为宫。五月初二，朱友松根据明代宗即位的故事，监国。五月初三，庚寅从大明门进入大内，到武英殿参加国政监察仪式。5月15日，朱友松皇帝位于南京故宫武英殿，次年为弘光元年。它的名称仍然是明，南明的历史名称改为弘光，并建立了弘光政权。然而此时，明朝紫禁城的大部分寺庙已经倒塌，南京的祠堂早已被烧毁。朱友松进行了一些修复工作，修建了奉天门、慈禧堂等建筑。
清军入关灭南明后，南京改为江宁，两江总督署所在地，紫禁城改为八旗卫城。紫禁城内设置将军和都统衙门，从太平门到通济门修筑城墙进行隔离，对紫禁城的建筑造成了极大的破坏。
清康熙二十三年(1684)，叶璇首次南巡，到达江宁。当他看到破败的“明皇宫”时，他在《论过金陵》一文中写道:“你讲紫禁城的故事，有许多美景。以前凤凰雄伟，现在毁了！.....过了城，旧观念未改，宫中无人。看到这里，我不能不感叹吴宫的花草和晋朝的衣裳！”可见此时的明朝紫禁城是相当荒凉的。
清康熙三十八年(1699)，叶璇册封普陀山为“法雨寺”，并下旨“拆毁旧金陵寺以赐之”，拆除南京故宫琉璃瓦120000块，仿金陵明宫九龙殿。共有7个大厅，高22米，宽35.35米，深20.31米，面积近1000平方米。根据普陀山的记载，九龙堂是为南京故宫而迁到这里的。如今，九龙殿的琉璃瓦、雕龙柱和九龙藻井都属于南京故宫。
清咸丰三年(1853)，3月29日，太平天国定都南京，改名天京。但是，它没有把故宫作为宫殿的基座，而是在城内选择了一个新的地点来建造新的宫殿，其中拆除了大量的石头和砖块。到太平天国灭亡的时候，明朝紫禁城的宫殿和城墙已经基本消失。
清同治三年(1864)，天京于19年7月沦陷，随后湘军攻下天京后，太平军放火烧城，湘军抢掠后也到处放火，南京明故宫再次被毁。
清朝咸丰、同治年间，由于太平军与清军的战斗运动，明朝紫禁城又遭受了一次大的破坏，除了埋在地下的石构件地基，几乎只剩下一片瓦砾、蛇鼠。从1881到1884，左在南京明故宫五龙桥北方孝孺纪念馆内修建了方孝孺庙。
清宣彤三年(1911)，英国人法瑞斯(Fares)从明故宫遗址上拆下7件石雕和3对石狮，运到下关扬子饭店装饰。
民国十三年(1924)，因修建明宫机场，南京午门(五毛门)双门被拆除，只剩下下三孔门户，午门上方的五凤塔早已被毁。
民国时期，南京国民政府计划以明故宫为中央行政区。然而，由于财政和战争原因，该计划没有完全实现。只在明故宫旧址内修建了中国国民党中央监察委员会(现南京军区档案馆)和中国国民党中央党史陈列馆(现中国第二历史档案馆)。
民国十八年(1929)，为了迎接孙中山先生的灵柩，国民政府安葬了中山陵，修建了迎禅大道。建设之初命名为中山路，又称中山大道，中山东路横跨奉天殿广场，将场地分为南北两部分。此时，明宫遗址中只剩下午门、地下柱基等少量遗迹。到了民国后期，明朝的紫禁城已经变成了一个小机场。
民国二十一年(1932)，国民党前主席林森对明故宫、明陵等建筑遗址情有独钟。当他建造他的别墅“桂林石屋”时，他从明皇宫的废墟上“调用”了一些精美的石雕来装饰石屋。抗日战争中的石屋被日军炸毁，明宫的一半框架和部分建筑遗迹得以保留。
4月23日，1949，南京解放后，刘伯承、陈毅等同志邀请有关专家学者座谈，征求保护意见。与会者一致认为，这是中国历史上明故宫的重要遗址，应该得到保护，因此他们决定就地掩埋约350根石柱，并将其埋在道路北侧的中轴线及其两侧。中山东路北侧约60万平方米土地将被打造成南京军区训练场进行保护；以及被英国票价抢到下关扬子饭店的石雕被运回现场整修。
1956 10，明故宫博物院遗址公布为江苏省文物保护单位。
上世纪90年代，南京军区教练场迁出明故宫博物院旧址，仅恢复南北中轴线。
1991年，南京明故宫遗址公园正式建成对外开放，除了柱基为原物，三大殿排列顺序正确，但故宫三大殿柱基被移动，建筑基础重做或微缩版，破坏了真实性。
1997年5月，为配合江苏大剧院工程选址，南京博物院在明故宫遗址公园北部进行了局部发掘，在明故宫三大殿中发现了沈婧殿的地基。
2000年，原位于明故宫遗址的江苏大剧院迁建。
2006年，明故宫博物院遗址正式升级为全国重点文物保护单位。同年，完成南京午门防渗维修，确保除险成功。
2010年7月，御道街施工时，意外发现南京故宫端门遗址，位于南北方向。在城墙北侧，有一条明代城墙的东西向排水沟。
2011南京市政府规划论证了明故宫遗址保护利用新方案，将其打造成国家级遗址公园。
2012年7月，在南京明故宫遗址公园概念规划设计国际竞赛中，南京明故宫遗址保护总体规划(2012 ~ 2032)由东南大学获得。
2012，165438年10月，南京明都城遗址作为中国海上丝绸之路工程遗产地之一，被列入中国世界文化遗产预备名录。根据日程安排，2015年完成筹备工作，2016年正式提交世界遗产大会审议。
2065438+2005年2月初，国家文物局官网发布《关于明故宫遗址核心区环境整治及重点文物标识展示项目立项的批复》，其中称:“原则同意御道街景观标识、午门广场环境整治、中山东路路面改造、三大殿桥台文物标识展示项目立项。”