神奇宝贝世界的历史
很久以后，古拉多从地下岩浆中诞生，盖欧卡出现在深沟里，烈空坐形成在臭氧层里。烈空坐在臭氧层中盘旋，偶尔来到天空之柱休息一下。古拉多和盖欧卡分别扩张大陆和海洋。两个超古的神奇宝贝终于相遇，为神奇宝贝世界的开局带来了一场激烈的优势争夺战。烈空坐最终结束了这场战斗，让古拉多和盖欧卡回到了各自的洞穴。为了防止两个超古的神奇宝贝再次醒来，制作了红色的宝珠和蓝色的宝珠，保存在神神火山。当时梦出现在世界各地，分布数量相当可观。此外，神奇宝贝世界中还出现了一种地块。随着雷吉奇卡斯在陆地之间的移动，形成了各种区域，在天官山周围形成了申奥地。在这场运动中，深澳东北出现了一座严酷的山，它诞生在岩浆中参加多兰。阿尔宙斯创造了金刚的玉魂，白玉的玉魂，白金的玉魂，然后就睡了。
很多年后进入史前时代，那个时期存在着各种各样的神奇宝贝。考古学家证实，这些神奇宝贝分布在各大洲，今天已经形成化石，含有神奇宝贝基因。在此期间，可能的梦的数量开始减少，世界上出现了更多其他种类的神奇宝贝。除了神奇宝贝，神奇宝贝世界里还有人类。
在石器时代、冰河时代和铁器时代，分别出现了雷吉洛克、雷吉艾斯和雷吉斯奇鲁。它们被藏在丰原，被用作开启奇峰寺雷吉奇卡斯封印的钥匙。
1500年前，最早的书写方式出现在阿鲁夫遗址、阿斯卡纳遗址和随机遗址。考古学家不能确定是未知的图腾还是这种书写方式最先出现，但很明显两者之间有某种联系。在此期间，鲤鱼王的人口突然发生变化，成为最脆弱的神奇宝贝。在700年前的现代，9层的铃铃铁塔和钟楼相继在朱元建成。两座塔象征着神奇宝贝与人类的友谊，以及共同生活的希望。从塔顶看到的景色非常壮观。西边的塔是唤醒神奇宝贝的钟楼，而东边的塔是神奇宝贝休息的地方。据说，在那个时候，一只巨大的银色神奇宝贝住在钟楼的顶端，而对面的铃铃铁塔是彩虹色凤凰王的家。然而，150年前，一次雷击击中了钟楼，凶猛的大火燃烧了三天，在一场倾盆大雨后才被扑灭。洛奇亚和凤凰王逃离了灾难，然后洛奇亚去了涡旋群岛居住。当时举办了第一届神奇宝贝联赛。在现代，研究人员创造了第一只人造神奇宝贝3D龙。
几年前，人类从梦境基因中克隆出了Superdream，它逃脱了人类的控制，摧毁了红莲岛上的神奇宝贝屋。不久后，红莲岛的火山爆发摧毁了岛上的许多地区。此外，火岩队和水舰队的领导人唤醒了古拉多和盖欧卡，使他们再次战斗，这又一次被烈空坐平息。
到了现代，由于环境的异常变化，神圣的地方开始变得冰冷。对手组织银河使用红链让湖神召唤帝牙卢卡、帕路奇犽和螯合蒂娜。由于主角的干扰，银河队的计划失败了。当时天官山顶有个时空裂缝，也是变态世界的入口。瑞迪娜和银河队的领队奇里进入了异常世界，随后这个入口的关闭让深澳之地恢复了平静。
以n为首的等离子集团活跃在美国。魁奇思用何忠的创始传奇四处游说，表面上是想解放神奇宝贝，实际上是在酝酿一个更大的阴谋。而N为了自己的理想征服了捷克罗姆或者雷希拉姆。在击败冠军阿尔德后，英雄在来自何忠的八名道场训练师的帮助下，在N的城堡中唤醒了另一个一站式神奇宝贝及时阻止了N，但N背后的酷儿思想暴露了他的真面目。因为主人公的行为，魁奇思被捕了，N飞到了捷克罗姆或雷希拉姆。在这位英雄的帮助下，国际刑警组织正式逮捕了等离子体组织的残余分子，何忠的风暴平息了。
两年后，等离子集团分裂成两派。魁奇思带领等离子体小组试图用酋雷姆的力量冻结何忠，但后来被主角和n·魁奇思阻止，将酋雷姆与捷克罗姆B2或雷希拉姆W2合二为一。最后，酋雷姆被英雄制服，何忠从危机中获救。
这段时间，卡洛斯当地的flash团队打算用“最后的武器”改变世界。从而唤醒哲尔尼亚斯或伊裴尔塔尔。在主角制服他们后，3000年前卡罗斯国王阿兹的后代，闪焰的首领弗拉达利，使用了可以进行超级进化的神奇宝贝，阻止主角离开闪焰的秘密基地。最后主角成了冠军，回到了米阿雷斯，得到了表扬。阿兹和马赛克蒂又见面了。卡洛斯脱离危险了。