第三种观点是黄巢兵败后遁逸为僧。这种说法主要以宋朝的野史、笔记小说为主要依据,认为义军战败后,黄巢没有死,而是虎口脱险,做了和尚,并得以善终。宋朝人王明清《挥麈后录》转录五代王仁裕《洛城漫录》说五代张全义为洛阳留守时,在一批僧人中看到了黄巢。又转引宋初陶的《五代乱离纪》说黄巢逃跑后,剃发当了和尚,曾经写过一首诗:“三十年前草上飞,铁衣著尽著僧衣。天津桥上无人识,独倚危栏看落晖。”当时人认为后来黄巢住在明州雪窦寺,人称雪窦禅师。雪窦寺有黄巢的墓,每年当地官府派人前去祭祀。
邵博的《河南邵氏闻见后录》卷17中也谈到了黄巢当和尚的事情。他说时溥献给唐僖宗的那个黄巢头是假的,东西二京的老年人都说其实黄巢没有死,从泰山狼虎谷逃了出来,装扮成僧人投奔到河南尹张全义处。张全义原是黄巢的旧部,这时假装不认识,为黄巢造了南禅寺居住。邵博多次到洛阳南禅寺游览,见到墙壁上画着一个僧人,状貌与一般人相差不大,但两眼像蛇眼一样凶狠,这人就是黄巢。庙里的老僧人对邵博说有黄巢以前写的绢本十分稀奇,上面有黄巢的一首诗。
据邵博记载,诗的内容与上面陶所记基本相同。黄巢逃脱后当了和尚,投奔张全义,或说后迁居明州雪窦寺,这样的述说在吴曾《能改斋漫录》、张端义《贵耳集》、罗大经《鹤林玉器》、周密《志雅堂杂钞》等书中都有,被描绘得十分生动细致,因而有许多人认为是值得信赖的。对此,宋代人也有不同意见,赵与时在《宾退录》中指出,流传的黄巢诗作,是后人取唐朝大诗人元稹的两首《智度师》诗拼合而成的,属于伪作,但他对黄巢遁逸为僧并未加以直接否定。
黄巢出家当了和尚的这种说法在今天的学术界也很有市场,一些人认为时溥送到四川给唐僖宗看的黄巢头肯定是假的。林言杀黄巢后,先将头送到徐州的时溥处,但狼虎谷到徐州要五、六百华里,快马也要三天路程,而徐州至成都行在所,相距三、四千里,即使马不停蹄,日夜兼程,也需20天。
当时是6月盛暑,放在盒子里的首级恐怕早已腐臭不堪,唐僖宗怎么能认得出?更何况黄巢兄弟六七人,难言其中没有用长相差不多的头颅进行替代。他们认为黄巢逃跑也有现实条件,围剿义军的唐军之间相互矛盾重重,还不断发生火并。一些地方势力为了要挟朝廷,在围剿时真真假假,有时谎报军情,有时围而不剿,甚至有时还故意放走义军,将义军击散了事。
黄巢在几次面临灭顶之灾时都能安然无恙,化险为夷,都与当时唐末军阀之间、军阀与朝廷之间的矛盾有关。即使到了义军主力被歼后,对那些潜逃和躲藏起来的义军将领,在军阀割据的局面下,也根本不可能穷追猛打。
一些学者认为唐朝是一个佛教非常发达的时期,黄巢深受佛教思想的影响,他早就有遁入空门的思想根源。在韶州的南华寺,保存了黄巢于877年写的《斋僧文》,自称是率土大将军。在安徽歙县昭庆寺,也有黄巢的《斋僧疏》碑文,讲到他打算舍银六锭,斋一千僧人。当黄巢确信起义失败无疑时,他的意志消沉了,甚至对他的过去表示怀疑,他就完全有可能选择出家寺庙的这条道路,这是历史给他的安排。
在那些官修或钦定的史书中,是决不敢直书黄巢遁逸逃脱之类的事情,他们对义军总是极尽诽谤歪曲,为以儆后人,总要说义军是被官军追尽杀绝的。在当时有的人为了向唐王朝邀功请赏,虚报战功,首级的真假根本是无法辨认的,即使说这些史书所记不误,但谁能保证黄巢是真的死了?