查理设法建立一支小规模的常备军,但是议会担心他因此而进行独裁统治,尽管他在位时这一阶段还没有这种打算。当时国内的反天主教形势正在高涨,这让他处理国内事务非常困难。
查理的弟弟约克公爵詹姆士就因为前述的第一个审查条例通过之后辞去所有政府职务而公开皈依罗马天主教,接着又娶了罗马天主教徒的意大利公主续弦;王后是天主教徒,查理的主要情妇法国的朴次茅斯公爵夫人也是天主教徒。人们因而怀疑国王对法国有所许诺。
1674年的时候财政大臣丹比伯爵也受到被检举的威胁,因为下院认为丹比应该为国王的亲法政策负责,虽然他跟此没有什么关系。
1678年夏天发假誓的报信人透露了一桩“天主教阴谋案”,虽然查理坚持说这这是个阴谋,但还是导致约克公爵夫人的秘书科尔曼以及其他很多天主教耶稣会会士被处死。
1679年查理第一次解散了任职18年的原先的查理一世的保皇党议会。但是议会解散前通过了将罗马天主教徒从上、下议院中驱逐出去的第二个审查条例。
1679年春天新的议会开始了,但是他们提出一项排斥约克公爵继位权的法案,但是查理决定抵制这项法案,在支持国王的托利党与肆无忌惮的沙夫茨伯里领导的辉格党之间进行了长达两年的斗争。查理通过对上院施加影响,阻止了这项排斥法案的通过 1680年查理在位期间的第四次议会开会时,下院再次表决通过排斥法案,查理解散议会。
1681年查理召集第五次议会,对辉格党施加军事压力,虽然担心内战,但是查理与法国国王达成秘密协议,一旦发生叛乱,法王将给与支持。
由于辉格党被指控为策划暗杀国王,托利党的影响慢慢恢复,辉格党的阴谋被称为“拉伊豪斯阴谋”。国王利用自己的影响并把与自己友好的官员安插在中央和地方的主要职务上,国王粉碎了辉格党,辉格党的主要领袖沙夫茨伯里伯爵死于荷兰。
六、晚年生活
查理的最后的四年统治时期平安无事,因为他从关税和执照税中增加了岁入,财政问题不再有;维持了一支赖以生存的常备军;弟弟约克公爵实际上也恢复了海军大臣的职务。
1685年2月6日54岁时死在怀特霍尔宫。死去以前被接纳进罗马天主教会。他的弟弟詹姆斯二世继位。
如何评价查理二世?
查理被证明为一个极其机警的政治家,也是一个说谎能手,尽管比起父亲和祖父,他明显天性懒惰,但是遇到危机后就全力以赴去解决。
除了两个审查条例,他对议会很少作出让步。他不放弃对王国武装力量的控制,他还竭力拯救其大臣塞缪尔·佩皮斯免予因叛逆罪被处决。查理很有魅力、十分风趣受到普通人民的爱戴。
他被称为“快活王”,虽然吃喝有节制,但是好色,情妇无数。至少和情妇有14个私生子。虽然王后不育,他也不与王后离异。查理还爱好赛马,很多的赛马规则就是他制定的,也喜欢钓鱼。