在海上通航方面,自1988年起,台湾商船间接绕道运输两岸间的贸易货物,大陆方面给予台湾船舶优惠待遇,陆续批准台湾船公司在大陆设立独资及合营公司、航运代表处。1997年,福州、厦门至高雄间的海上试点直航启动,结束了两岸48年来商船不能直接通航的历史。次年,两岸定期集装箱班轮航线开通,运输两岸货物的船舶经第三地换单不换船航行两岸港口。2001年,金门、马祖与福建沿海地区的海上客、货运航线开通。
在空中通航方面,1989年起,两岸民航业界陆续开办了“一票到底”“行李直挂”等合作业务。2003年起,两岸空中通航不断取得突破,从台湾航空公司单方执行“春节包机”到两岸航空公司双向、对飞执行“春节包机”,从航机须经停港澳到只须绕经香港飞行情报区,从“春节包机”到“节日包机”“周末包机”。
在通商方面,台商不断深耕大陆市场,大陆连续多年稳居台湾最大出口市场和贸易顺差来源地。同期,大陆累计批准台资项目超过7.6万个,实际使用台资逾464亿美元。
但是,由于过去台湾当局的限制和阻挠,两岸“三通”长期处于间接、单向、局部的状态。特别是,大陆人员赴台活动及投资受到种种限制。