土地产权的历史变迁
1，所有权主体为空。我国宪法和土地管理法明确规定农村土地属于农民集体所有，但这一规定实质上是模糊的，“农民集体”的含义并不明确。根据我国《村民委员会组织法》的规定，村民小组和村民委员会都不能成为农村集体土地的所有者。这就造成了农地所有权主体的缺位。在实践中，村民小组、村委会、乡镇政府甚至一些集体经济组织已经成为集体土地的实际支配者，行使着所有人的权利。这样一来，现实中的严重后果就是村干部和乡镇干部成为农村集体土地的实际支配者和最大受益者，集体土地的所有权实际上已经模糊，农村干部的“寻租”成为更为突出的现象。
2.所有权效力的相对性和权利内容的不完全性。与国家土地所有权相比，集体土地所有权在法律上相对受到保护。[4]从我国现行的法律规定及其运作来看，农民集体土地所有权是一种受到严格限制的所有权。国家严格控制其使用、流通和处置。与所有权的权力构成相比，农民集体土地所有权的权力是不完整的。我国农村土地的法定所有权(即名义所有权)与实际所有权完全不一致。我国农村土地所有权的真正主体是国家(中央政府)，各级政府只是这个主体的代理人，而乡、村、组才是国家所有权的基层代理人。这些规定违反了平等所有权的要求。
3.农地承包性质不明。理论界对农地承包的性质有两种观点:行政契约论和民事契约论。根据行政契约理论，农业承包责任制的建立使农民通过与政府签订行政合同获得土地使用权，取代了计划体制下的行政命令或指令性计划，国家在农业的管理模式中占据主导地位。[5]根据民事契约理论，农地契约与企业契约一样，是平等主体之间签订的双务、有偿、非承诺契约。[6]理论上的争议在立法上也得到了支持。由于行政和民政的关系不分，合同不局限于发包方和承包方的民事权利义务，失去了本来的意义，成为地方政府和乡村干部综合治理农民的手段。
4.农地承包经营权的性质不明确。目前，我国学术界的争论主要集中在物权说[7]和债权说[8]上。除上述两种观点外，还包括劳动关系理论、财产权与债权理论、债权与财产权理论、(复合)所有权理论、土地所有权理论、追加土地所有权理论和社会保障理论。
5.土地流转制度存在缺陷。虽然我国《农村土地承包法》第32条规定，承包经营权可以依法通过转包、出租、互换、转让、入股等方式进行流转，但我国农村缺乏合理有效的土地流转机制，存在流转对象有限、流转性质不明确、流转类型不科学、流转程序不规范等问题。流转障碍主要有:一是农业承包合同定位为债权合同，土地承包经营权人需要发包方同意才能转包土地或转让土地承包经营权；第二，根据我国《担保法》第三十七条规定，耕地、自留地等集体所有的土地使用权原则上不得抵押。非抵押限制了农地的流转。[9]对此，有学者提出质疑:“此规定未必妥当，农地使用权可以转让。为什么不能设定抵押？”[10]由此，生产力无法重新配置，农业经济结构调整处于要么重新调整土地承包关系，要么放弃规模经营的尴尬境地，土地资源配置效率低下。土地问题
中国农村土地制度陷入困境，原因如下。
1，立法失范。我国《宪法》、《土地管理法》、《农业法》、《村民委员会组织法》中关于农民集体土地所有权的相关规定模糊不清、相互矛盾或者严重背离社会现实。比如，农村土地只归农民集体所有，但没有明确界定“农民集体”的含义和表现形式，将“农民集体”混同于农村和农业经济组织。《土地管理法》规定村民小组拥有土地管理权，但在我国《村民委员会组织法》中，村民小组从属于村委会，没有独立地位，其土地管理权自然会收归村委会。
村民委员会不是集体土地所有权的主体，而是村集体事务的实际经营者。我们应该把村民委员会和农民集体本身区别开来。一方面，从村民委员会的性质来看，我国法律规定，村民委员会是基层群众性自治组织。另一方面，我国《村民委员会组织法》和《土地管理法》规定，村民委员会应当管理本村农民集体所有的土地和其他财产。可见，法律并没有赋予村民委员会土地所有权，村民委员会只是土地管理者，而不是土地所有者。
虽然我国农村土地承包法立法解释中的具体规定体现了承包经营权的物权化，但是农民承包经营权的内容是由发包方和承包方约定的，并没有法律化。此外，根据该法第五十六条规定，当事人一方违反合同义务的，应当承担违约责任。因此，农民的承包经营权很难受到物权法的保护。
2.行政干预。农民集体土地所有权矛盾的核心问题是政府在利益驱动下的政治操纵和强力干预。在计划经济时代，国家计划决定生产什么，生产多少，如何分配。事实上，土地的控制权不在所有者手中，而在国家手中。农村家庭承包经营制度实施后，国家并没有因为利益而放松对农村集体土地的控制，而是换了一种方式，通过政策和法律实际控制了农民的集体土地所有权。土地所有权主体的缺位，使得国家对农村集体土地的控制更加畅通无阻。现实中，圈地拆迁问题不断，一些政府或部门滥用行政权力征用土地，损害农民利益，引发一些社会问题。
3.缺乏理论。根据我国宪法和《村民委员会组织法》的规定，村民委员会是自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。但土地管理法规定了村民委员会的“管理”职能，与根本法相冲突。
村民委员会既不是行政组织，也不是民事组织，不享有民事权利能力和行为能力，不是民法上的“第三主体”。但是农村土地承包法规定了其民事责任。这个组织民事责任的依据是什么？最典型的就是没有财产基础，这个值得讨论。另一个不足是，法律只规定了村民委员会的民事责任，而没有涉及村干部的责任，因为在实践中，村民委员会侵害农民利益的行为实际上表现为村干部滥用“职权”而没有受到应有的监督。