人们对这种疾病的近期和历史原因有什么解释？
(1)防御
防御或防卫不是对疾病原因的解释，但防御反应往往与疾病的其他症状混淆，所以这里先讨论一下。皮肤较浅的年轻人可能会患严重的肺炎，面色发青，呼吸窘迫，咳嗽剧烈。肺炎的这两种症状反映的是两个完全不同类别的两件事，一个是一种缺陷的表现，一个是防御。皮肤呈蓝色和紫色，因为血红素缺氧时颜色加深。这种肺炎类似于汽车轴承异响。不是预先设计好的发现问题的反应，而是没有任何好处的无奈表现。另一方面，咳嗽是一种专门用于清除呼吸道异物的复杂机制，是一种防御机制。咳嗽涉及横膈膜、胸肌和声带腔的协调运动，将粘液和异物通过气管向上推至咽喉后部，或吐出或吞入胃中，酸性溶液杀死大部分细菌。咳嗽不是对身体某种缺陷的无奈反应，它是自然选择留下的，是一种协调的防御活动。当特定的传感器检测到特定的危险线索时，就会被激活。就像汽车仪表盘上的信号灯，当油箱里的油快用完的时候会自动闪烁。本身不是问题，只是对问题的警示和初步的解决方案。
抗辩和瑕疵的区别不仅仅是纯理论的学术意义。对于一些病人来说，这种区别是至关重要的。纠正缺陷几乎总是一件好事。如果消除轴承的异常声音或使肺炎患者的脸色变红，几乎总是有益的。切断指示灯的电路很可能会导致油在途中坏掉。过度抑制咳嗽可能导致肺炎死亡。
(2)感染
假设某些细菌和病毒把我们当成它们的食物，我们可以想象它们是敌人。然而，它们不是简单地骚扰我们的害虫，它们是老练而有经验的对手。在进化过程中，我们进化出了防御措施来应对它们的攻击，它们也在进化过程中进化出了克服我们防御的手段，甚至用我们的防御方法来反制防御。这种无休止的不断升级的军备竞赛可以解释为什么我们不能消除所有的感染和自身免疫性疾病。在接下来的章节中，我们将详细讨论这些主题。(3)新环境
我们的身体是由数百万年的自然选择设计和塑造的。自然选择没有足够的时间来改变这种确定的设计，以匹配脂肪饮食、汽车、药物、人工照明、中央空调等前所未有的新环境。由于这些设计定型与环境变化的不匹配、不兼容，导致了很多，也许是大部分，现代文明本可避免的疾病。流行的心脏病(冠心病)和乳腺癌就是两个典型的悲剧例子。
(4)基因
虽然有些人类基因会致病，但还是被保留了下来。他们的角色是可变的。当我们生活在更接近自然的环境中时，这些基因是无害的。比如，在我们过度放纵摄入大量脂肪之间，大多数与心脏病相关的基因都是无害的。导致近视的基因只有在你年轻时不得不近距离学习和工作的文化氛围下才起作用。那些导致衰老的基因，在平均寿命短的时代，很难被自然选择淘汰。
还有一些导致疾病的基因被自然选择保留下来，因为它们的携带者会从中获得一些好处。例如，导致镰状细胞病的基因可以预防疟疾。除了这个众所周知的例子，其他几种，包括性别拮抗基因，将在下面的章节中讨论，这将有利于父亲牺牲母亲或反之亦然。
我们的遗传密码经常被突变扰乱。突变引起的DNA变化只有少数是有益的，大部分都会产生引发疾病的后果。这种伤痕累累的基因不断被自然选择去除，只能在很低的限度内。因此，有缺陷且无代偿益处的基因不可能是常见的致病原因。
最后，还有一些非法的“离经叛道”的基因，可以遗传给下一代，对个体来说代价很大。这说明自然选择是有利于基因的，而不是有利于个体或物种的。因为个体选择也是一种强大的进化力量，非法的“越轨基因”并不是疾病的常见原因。
(5)设计中的折中方案。
就像有些基因给了一定的整体收益，虽然要付出一定的代价，但还是被保留了下来。每一个结构的改变也是昂贵的，但它有整体的好处，并在自然选择中保存下来。站起来走路让人类很容易搬运食物和婴儿，但这是背痛的先决条件。车身设计的各种缺陷并不都是错误，它们只是妥协的产物。为了更好地了解疾病的成因，我们必须透过设计上的明显缺陷看到隐藏的好处。
(6)进化遗留的历史问题。
进化是一个渐进的过程，不可能是革命性的，没有跃进，只有小变化，每一个小变化都要有立竿见影的效果。重大改变很难完成，即使是分子生物学家的基因工程。一辆普通货车从侧面被撞时，因为油箱安装在车架外而起火。然而，如果要将燃料箱安装在车架中，则必须进行重大的设计改变，这将产生新的问题，并且需要新的折衷方案。这说明，即使是工程师，也受到历史问题的限制。同样，我们的食物也要在气管前面穿过它，才能到达从食道到胃的通路，这样我们就有窒息的危险。把鼻孔装在脖子的某个地方似乎更合理，但永远无法改变这个历史问题。
我们从未争论过医学应该帮助自然选择。我们不认为生物学可以指导道德决策。我们绝不是说疾病是一件好事，虽然我们举了很多例子来说明病理与一些不被理解的好处有关。达尔文主义和医学结合后，人类应该如何生活，医生应该如何行医，都没有道德上的解释和指导。达尔文主义的立场和观点将有助于我们理解疾病在医学进化过程中是如何起源的，这些知识将对医学的崇高目标产生深远的意义。