明代两都两朝的制度并不混乱。
南京及其首都。
元顺帝郑智十六年(1356)，三月，朱元璋集团攻破江宁，改庆忌路为应天府。自此，攻城略地，以天为基。明朝建立后，应天作为南京，洪武十一年(1378)定都，称为都城。
它经历了一个从聚庆为应天、应天为南京和首都的变化，到决策和建都的过程。早在朱元璋南下定远庙山时，冯就提出金陵是帝都。你有什么建议？先拉出来觉得是根本？。陶安也认为:？古代帝王的都城金陵，龙虎环绕，仅限于长江。取之，则能依其形胜之，出四方。我们能做什么？？说了这么多，大家都清楚，南京占地，但是这里建立基业都是建立在偏安政权的基础上，偏安政权有半个江南，但是统一帝国在江南没有都城。冯、的建议也是在特定的历史条件下提出的。
犹豫不决
当明太祖称帝时，他将国家命名为大明，洪武年，皇后和王子，但他没有定都。你称帝七个月后，你认为这是理所当然的吗？南京？，并以开封为？北京？。可见我们在资金问题上一直举棋不定。
洪武二年九月，明太祖与群臣商议迁都事宜，但仍不得要领。有人主张以长安、洛阳为都城，有人主张以开封、北京为都城，当然也有人坚持以南京为都城。虽然明太祖自己曾经说过，建业江南胜，真的足够建国吗？，但主要考虑？平定之初，人民没有休息？。如定都关、洛阳、边陲，势力的供给依赖江南；如果以南京为首都，可以省去转机的劳动力。另外，南京有个吴王时修建的宫殿，可以暂时避免大规模建设。
洪武十一年，南京改名为都城。看来资金问题已经解决了，但明太祖心里并不踏实。正如郑潇后来所说:？州朝决定设金陵为王之地，但江南局势控制不了西北。？“明史？《兴帝宗孝康传》说:
洪武二十四年八月，太子为陕西巡抚。首先，皇帝把应天，开封作为南方，北京，林好作为首都。建言献策胡子恺写信说:？天下有四处可胜:河东地势高，控制西北。尧尝京师，其地苦寒；汴梁为河淮所围，汴梁为品，但其地平坦开阔，无险可倚；洛阳的周公预言到了，周、韩动了。而宋、云在南方并未受到惑、信、尾的阻碍，简、卓、易、罗也不是荆、魏、巴、云的英雄。据一百二十河山胜，夫可耸诸侯望，养天下莫管仲。？
明太祖被他的话感动了，于是有了文怡王子朱彪的关中之行。所以人们认为朱标西游，巡抚是虚的，策划迁都是实的。
但是，胡对建都的论述有明显的局限性。他列出了什么？你能做到吗？，限于历代汉政权的首都，却抛弃了元朝的首都北京。辽、金、元虽然都是京师？任虎？政治权力，但作为政治家，刘基显然比文人胡有着更广阔的胸怀和更杰出的学识。他明确阐述了北京作为首都不可替代的优势:
元氏郡入中原，辅之以姚、刘、徐、耶律大石。虽以阴山为都城，但其坚固的地形却是天下第一。按照鼎盛时期来说，会持续一百年。有一段时间文章也挺奇怪的，不一定是山川胜于大气或者有帮助的印象。至于元季，四方鼎沸，京城固若金汤。盖齐东临大海，西接山西、河北。前者有利于大陆和北方有坚实的天然屏障。如果不是命运，它的主人会不如饥荒，但会坚持势利。他虽然率领百万兵士在坚城下，但岁月之间，他败了，变钝了，不知道哪个是得失。
事实上，明太祖从未将北京视为其首都。据何的《于东录》记载，曾问朝臣:北平有了首都，能控制边塞吗？有什么比南京好的？？包品想北京？地球命运枯竭，难道不是由它造成的吗？，又玩皇帝的xing？在德国危险吗？老调重弹。中华人民共和国成立之初，明太祖暂时放弃了迁都北京的想法。再加上太子朱标之死，秦、晋、燕、宁四王镇守边境等因素，明太祖在位31年间没有迁都。
迁都北京
成祖？京南？拿下位置后，迁都的问题又被提了出来。北京不仅是范艳的旧居，也是王兴的故里。而京南的成功，在成祖看来，不就是因为京吗？盛兴？镇压了南京。另外，来自北方的边境麻烦越来越严重，所以很快就决定建北京。
永乐元年正月(1403)，礼部尚书李志刚等人说:？历代帝王以来，或布衣平定天下，或承袭外族诸侯，都是在被追查的地方升官祭天。我渴望看到，北平的首席秘书实际上是由皇帝来承载兴化之地的，沿袭太祖黄高中都的制度，使之成为京都是合适的。？李志刚等人这么快就秉承了成祖的意志？举报？以北平为北京，仿南京应天府，改北平府为顺天府。永乐十八年九月，诏告天下，以北京为首都，改南京。经过任、宣时期的酝酿和论证，终于在英国东正教第六年十一月建立了北京，以南京为首都，建立了南北两都制度。
南京现状
迁都北京后，如何理顺两个首都的地位，是一个影响全局的问题。一方面，要使南京继续发挥控制江南富庶、保障北京漕运的作用；另一方面，也不能让南京成为某些野心家另立山头，对抗中央的基地。既然成祖可以在京作战，南下夺取阵地，谁能保证以后没有人在宁作战，夺取中原呢？因此，自玄宗在北方继位后，南京不再由太子监国，也不再任命宗室镇守。而是由一名中官、一名特命大臣、一名兵部大臣为首，组成警备队，处理南京和江南事务。
内外驻军
永乐二十二年八月初五，也就是仁宗登基前十几天，开始设置南京守备太监。成祖在玉木川病逝后，仁宗从北伐起兵保卫京师，同时命宦官王景弘带领派往南洋的官兵镇守南京。这是南京吗？守中官？当初，王景弘也成为第一个镇守南京的宦官。为了区别于各地的镇守官，南京的镇守官叫？加里森？太监。一个月后，他命令项城伯和许保卫南京。
弘熙元年(1425)正月，郑和随下西洋的府军主力返回南京，同时奉命在南京护卫宦官。从此南京守备太监和守备大臣都是分两个官，一人一个，并称内外守备，名为合作，实则互相制约。仁宗给郑和的诏书说:？在内政方面，他与王景洪、朱步华、唐合作管理事务。在外交事务上，他与项城县伯力隆和驸马都尉商议并付诸实施。？玄宗给李龙的诏书说:？一切都是和驻防太监郑和、王景弘一起策划的，他们日夜操劳。？没有人能独自做决定。
南京兵部
英宗即位，虽国不疑，主子年幼是事实。为了加强对南京的控制，任命南京兵部参赞黄福为相城博力隆机车工程师。南京陈文参赞的火车头开始了。
成化二十三年(1487)定制，专为维护南京兵部尚书参赞。训练军队，支持人民，取缔盗贼，促进共同事务？。建立了内外守备与参赞、维护军务大臣共管南京事务的制度，与当时各省一样，守中官，守大将军，守文官。三堂？平行的情况是相似的。
同时，南京也配备了除内阁、总督府、内务府以外的所有中央机关，但很多官员都没有，六部缺左侍郎，都察院缺左御史。但国子监和科道都是官。这样，南京的官员设置既能满足实际需要，又能自成体系。
混合的
当时对明代的两都制褒贬不一。很多人觉得南京的吏部不规范，不懂得建功立业，户部没有真正的衔接，都是部门设置，真的多余。但也有人认为，两个城市并存，解决了北京管不了江南的富，南京管不了西北的灾的矛盾。
应该说，明朝迁都北京后，以南京为首都，对管理江南财运、控制南方地区起到了很大的作用；但是，说为了这些目的必须采用两种北京制度，这显然是过分的。且不说北京是元朝和清朝的首都，南京不是首都，江南水运也没有乱。即使到了明朝，南京很多官员的编制都被证明是多余的，所以后来裁掉了很多线路。
实际上，成祖是在不断排除干扰，逐渐将政治重心北移的过程中迁京的，直到正统六年才最终完成。但土木之变后，仍有人提出迁都南京，可见在迁都问题上的分歧。因为毕竟汉族人民的全国统一政权的首都并没有定在北京，而且自汉末以来，一直都在？胡？汉族杂居的地区是匈奴和鲜卑，然后是契丹和女真。
因此，明代两京制的形成既有政治、经济、军事等方面的原因，也有南北观念和文化上的差异。明代历史学家郑克胜教授曾详细论述了明代南北地主阶级及其政治代理人之间的斗争，以及明政府为维护政权稳定所采取的措施，既协调了他们之间的关系，又利用了他们之间的矛盾。