约瑟夫斯写了《犹太战争史》和《古代犹太教史》。

作为一名历史学家，约瑟夫斯的第一部著作，七卷本的《犹太战争史》，在公元75年至79年的五年间陆续问世。约瑟夫斯在书中详细描述了他亲身经历的犹太人起义。但是字里行间都是对犹太爱国者的极度仇恨，对犹太人在罗马统治下的悲惨境遇毫无同情。相反，一味夸大罗马军队的实力和威力，意在说服犹太人不要与罗马为敌，愿意忍受罗马的奴役。他的行为赢得了罗马统治者的赞赏，并给予他罗马公民身份和年金。韦帕芗和后来的罗马皇帝提图斯和图密善都视他为宠臣，让他成为图密善宫的历史学家。

公元93年，约瑟夫斯完成了另一部20卷的巨著《古代犹太教史》。是详细记录拿撒勒人耶稣的书。在描述耶稣时，他写道:“耶稣身高五英尺，身材瘦削，没有胡须；他情绪激动，容易激动。“它非常生动和具体。耶稣出生于公元前6年，大约在公元30年被钉死在十字架上。因为没有留下同时代的资料，而约瑟夫斯距离耶稣活动的时间只有30年，所以他的书对于研究耶稣本人和基督教的历史具有重要价值。

约瑟夫斯的文字形象生动。比如他作品中的罗马围攻乔塔帕塔，壮观而悲壮。罗马人一个接一个把铁盾举在头上，形成一个大“龟壳”，守城的士兵浇上滚烫的油和滚烫的沥青，让人仿佛身临其境。然而，作为历史学家，批评家认为约瑟夫斯对历史的分析是肤浅的，而且往往是错误的，他的作品有夸大和歪曲事实的嫌疑，因此他的作品不是真正的“好历史”。