三清山的演化历史
约9亿年前，扬子古板块与华夏古板块碰撞，成为罗迪尼亚超大陆的组成部分，留下了珍贵的古洋壳遗迹，即蛇绿岩混杂带(9.68亿年)和角闪石片岩(866±0.1.4亿年)，是古板块对接和晋宁造山运动的重要见证。8.3 ~ 8亿年前，罗迪尼亚超大陆裂解，三清山位于扬子大陆板块与华南裂谷盆地的过渡带，形成海相磨拉石-复理石和双峰式火山岩建造。南华早期，该区处于海岸-陆缘沉积环境，以碎屑沉积物为主；然后“雪球事件”出现了，留下了古冰川活动的遗迹——南沱组冰碛。
震旦纪，大陆地壳基本固结，气候变暖，冰雪融化。震旦纪末发生第二次海浸，历时654.38+0.6亿年，一直持续到奥陶纪末。沉积了超过4000米的浅海砂页岩和碳酸盐岩，包括三叶虫、笔石和海绵等海洋古生物化石，并沉积了一套浅海泥硅质和碳酸盐岩地层。奥陶纪末“加里东第一幕”造山运动后，三清山完全脱离海水环境，不再接受沉积作用。4.4亿年前的志留纪早期，虽然发生了第三次海浸，但海水只到了三清山东南角的边缘。两亿多年前，三清山结束了长期的海洋历史，开始进入内陆开发的新阶段。654.38+0.8亿年前，晚侏罗世和白垩纪期间，三清山地区发生了异常强烈的造山运动，即燕山运动，并伴有大规模的酸性岩浆浸没活动，从而奠定了三清山景观的地质基础。中生代是三清山花岗岩成岩成山的重要时期，也是花岗岩地质、花岗岩地貌、花岗岩生态的奠基时期。此后，经过新生代的变迁，造就了独特的花岗岩景观和独特的生态系统。
三叠纪印支运动后，三清山及邻区为大陆地势相对较低的复式向斜。自此，逐渐形成了今天所见的盆脊景观格局。
在中晚侏罗世-早白垩世盆山雏形期，由于欧亚板块和古太平洋板块的相互作用，该区发生了强烈的燕山期陆内造山运动。随着赣东北深大断裂的陆内俯冲，形成了东北三清花岗岩基底，怀玉山脉开始呈现挤压性“坳陷隆起”型的低缓隆起，并逐渐经历微弱的剥蚀，两侧出现陆相盆地。当时包括三清山在内的古欧亚大陆与古北美大陆相连。
晚白垩世盆脊伸展形成期，进入喜马拉雅期，造山运动后地壳强烈伸展，产生大规模断块。怀玉山脉快速隆起，强烈侵蚀，花岗岩体出露地表。据估计，侵蚀厚度约为4000～5000米..山脉两侧不均匀断裂，形成红色碎屑岩断陷盆地。北侧盆地小，南侧新疆断陷盆地大，厚度2000～3000m..山和盆地之间有巨大的反差。是怀玉山脉的主要形成时期。欧亚大陆和北美开始分离。古近纪到新近纪，盆脊缓慢变化，是地壳强烈伸展后的相对休眠期，山体侵蚀微弱，盆地萎缩，沉积不足。
第四纪盆脊转换期，地壳呈波浪式缓慢上升，怀玉山上部和山麓附近的三清湖-喀山冯特森林有三级夷平面，新疆谷地形成三级阶地。从怀玉山山麓到新疆盆地，地壳抬升幅度依次减小。同时，它沿某些部分断裂，导致差异升降。三清山受周围三条正断层控制，又慢慢上升。在怀玉山隆起的背景下，成为怀玉山的最高峰，也是三清山峰林景观的造景期。